根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算

 EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科的默认插入时间1.3e-8来计算插入时间，如果说我们忘记设置这个参数而跑了EDTA，后续分析LTR插入时间就会变得非常麻烦。因此，我编写了一个python程序，可以根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算，十分方便。

链接地址：time_convert.py

使用方法：

time_convert.py input.txt 3e-10

其中，input.txt为输入文件，一般为EDTA的输出结果文件XX.fa.mod.EDTA.raw/LTR/XX.fa.mod.pass.list； 3e-10为物种的突变速率，此处更改为物种自己的突变速率。

使用前，请确保你的EDTA流程已经运行完毕且生成了有LTR插入时间的列表文件。

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