使用https://github.com/vcftools/vcftools下载的安装包安装时需要root权限，这时可以使用sourceforge中已编译的包。 具体方法如下：

wget -c https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gz

tar zxvf vcftools_0.1.13.tar.gz

cd vcftools_0.1.13

make

然后就可以使用啦！

但在使用vcftools_0.1.13/perl/vcf-query 时，可能会遇到缺失Vcf module的情况。

一般会提示：Can't locate  Vcf Module/   Vcf.pm in @INC (youmayneedtoinstalltheinc::Module::Installmodule) (@INC contains: ...假装这里是一串path)

这时只需要给刚才安装的vcftools目录下的对应文件（/YOUR_PATH/vcftools_0.1.13/lib/perl5/site_perl/Vcf.pm）建立一个软连接即可,软连接建立在 (@INC contains: ...假装这里是一串path) 这里提示的路径中的任何一个就可以。

具体命令：

cd 假装这里是一串path

ln -s /YOUR_PATH/vcftools_0.1.13/lib/perl5/site_perl/Vcf.pm  ./

然后就可以使用啦！