近来利用humman3分析微生物的功能,需要下载对应的数据库
基于官网humann3 – The Huttenhower Lab (harvard.edu) 介绍基于如下命令下载,会因为网络或者服务器的问题,出现中断,且中断后,未找到对应的续下载操作。
humann_databases --download chocophlan full /path/to/databases --update-config yes
于是google下,碰见一些人也出现同样问题,最后发现
1)有人将其中的数据库进行了下载,并上传到了百度网盘。update · YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot@6c5194b · GitHub 可以较为方便下载
2)这些数据库文件,humann3的开发者将其放置在相应的服务器上Index of /humann2_data/ (harvard.edu),可用迅雷快速下载