最近在用Variation graph toolkit（简称vg，一款构建泛基因组，并用构建好的泛基因组来call变异的软件），想cat两个vcf文件并根据染色体号（CHROM）和起始位置（POS）进行排序，也即：

cat $vcf1 $vcf2 |sort -k 1n -k 2n >$vcf

但是结果会是X和Y在最前面，

# ...为省略内容
#CHROM  POS  ......
X  1979  ......
X  19469  ......
......

而我希望的顺序是1-22，然后是X和Y。
在网上查了一下，没找到sort可以用的参数，然后想用awk去做，最开始是

for i in `seq 1 22` X Y;do awk '{if($1 == '$i')print $0}' $vcf ;done >$sorted_vcf

这里有个小Tips:
要想在awk中引用for循环的变量，需要在变量$i两边加上单引号，即

# ...为省略内容
for i in ... ; do awk '...'$i'...' ;done

但是tail了一下，发现没有抓到X和Y，猜测是字符串和数字的原因。

最后用如下代码成功实现：

for i in `seq 1 22` X Y;do awk '{if($1 == "'$i'")print $0}' $vcf ;done >$sorted_vcf

注意，sort这步依然是需要做的。

如果有更好的方法，还请告诉我哦。