因为 MES系统 的模块众多，所以形式也会各种各样，而集成度是关于集成好坏的最重要的考量标准。
最松散的集成方式应该非纯人工集成莫属。所谓纯人工集成，是指两个子模块之间毫无软件层的管理，仅仅是从业务上存在关联，通过操作人员从一个软件获得信息后反馈到另外一个软件。举个例子来说，假设一个企业内部的杭州MES系统有两个模块，分别为销售模块和生产模块，理论上来说销售的数据应该作为生产的一个依据，但是由于某种原因，这两个模块是完全独立的，那么此时销售人员就需要将销售的数据形成一个报表传到到生产部门，生产部门的人员再进行生产计划的安排。这个其实也是在上MES系统前最主要的一种运作方式。
紧接着的是接口集成的方式。所谓接口集成方式，是指两个系统之间通过接口来实现系统的集成。这种应该就是最好理解的，那就是两个模块之间通过接口进行数据的交互。采用接口集成时，取数的方式也存在着差异，例如，最常用的做法是从一个模块下载数据，然后上传到另外一个模块中;另外一种做法是一个模块直接到另外一个模块读取数据，或者直接到另外一个模块写数据，这种方式往往是建立在两个模块之间相互信任的基础之上的。
对于接口集成的方式，也可以按照操作人员干预的程度分成多种类型。
(一)自动接口的方式。所谓自动接口的方式，就是系统设置一个自动的服务或者作业进行数据的存储和读取，例如从一个模块中每次发生数据更改时或者定时将数据存到某个固定的地方，然后在另一个模块中定时读取，或者在需要的时候直接使用。这种方式的一个显著特征就是不需要人为的干预，全部由系统完成，管理人员只需要通过合适的手段进行监控即可。
(二)半自动接口的方式。所谓半自动接口的方式，是指需要操作人员执行一定的功能以后数据才会实现传输。例如需要在一个模块中执行一个输出数据的功能，然后再到另一个模块中执行一个数据的上传操作。
(三)手动接口的方式。所谓手动接口的方式，是指需要操作人员在手工进行下载数据，在下载完成进行一定的编辑后才能上传到另外一个模块中。这种方式需要更多的人员干预。这种模式在模块之间的数据关系不能很好地数学模型化的情况下被较多的使用。
上述的各种集成方式主要是面对两个模块不是一套系统的情况，如果两个模块同属于一个系统，那么集成的耦合度将会更高。
如果两个模块在同一个系统中，也会因为集成的实时性等因素而带来不同的集成松耦度。
在一些系统中常常会采用的一种方式，那就是常规集成的方式。常用使用这种集成方式。在这种模式下的特征是：一个模块有数据发生变化时，并不会实时传递到其他的模块，而是需要需要操作人员进行手动的操作以后才会进行数据的传递，而在传递前，系统会或多或少的允许操作人员对数据进行适当的修改。举例来说，LED电子看板在库存系统中进行出入库操作时，总账并不会受到影响，而是等到月底或者其他时间，由操作人员进行总账凭证的生成，在凭证生成时也往往才会汇总的方式，将多笔入库或者出库单据的金额汇总到一张凭证的同一个凭证行明细中。
另外一种同一个系统下的集成方式是高度集成的方式。在杭州MES系统中主要采用的就是这样的一种集成方式。高度集成的特征为：当一个子模块的数据发生变化时，系统会自动将数据传递到相关的模块中。例如在MM模块发生一笔入库业务时，总账模块就会同时产生一笔存货增加的凭证。
