学习小组Day5--R语言数据结构.png
一、新手tips
- 赋值符号是 <-("alt"+"-")
- Console 控制台输入的是单行命令
- 代码中括号是英文的
- 显示工作路径 getwd()
- 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串
- 表格在R语言中改名叫数据框
- 善用命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分测试代码功能
- 数据类型
-- 向量（vector）
-- 矩阵（Matrix）
-- 数组（Array）
-- 数据框（Data frame）
-- List
二 向量
1. 向量与标量
- 标量 单个元素
- 向量 多个元素
2. 元素提取
- 根据位置
> x <- c(1:10)
> x
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> x[1:4]
[1] 1 2 3 4
> x[-1:-4]
[1] 5 6 7 8 9 10
> x[c(3,5,8)]
[1] 3 5 8
- 根据值
> x <- rep(4:9,times=2)
> x
[1] 4 5 6 7 8 9 4 5 6 7 8 9
> x[x>5]
[1] 6 7 8 9 6 7 8 9
> x[x %in% c(7,8)]
[1] 7 8 7 8
三、数据框
1.读取 read.table
- sep 分隔符
- header 表头
> a <- read.table(file ="huahua.txt",sep = "\t",header = T)
> a
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
2. 设置行名和列名
- 行名 rowname
- 列名 colname
> b <- read.csv("doudou.txt",sep = ",",header = T)
> b
X1 X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> rownames(b)
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> colnames(b)
[1] "X1" "X2"
> colnames(b)[1]<-"bioplanet"
> b
bioplanet X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
3. 导出write.table
> dir()
[1] "Day5.R" "doudou.txt" "huahua.txt"
> write.table(b,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
> dir()
[1] "Day5.R" "doudou.txt" "huahua.txt" "yu.txt"
4. 保存与加载
- 保存所有变量 save.image
- 保存一个变量 save
> save.image(file="bioinfoplanet.RData")
> save(b,file="test.RData")
> dir()
[1] "bioinfoplanet.RData" "Day5.R" "doudou.txt" "huahua.txt" "test.RData"
[6] "yu.txt"
- 加载 load
> rm(list = ls())
> ls()
character(0)
> load("test.RData")
> ls()
[1] "b"
５．提取元素
- 下标
> b
bioplanet X2
1 A 1
2 B NA
3 C NA
4 D 3
5 E NA
> class(b)
[1] "data.frame"
> b[1,1]
[1] A
Levels: A B C D E
> b[2,]
bioplanet X2
2 B NA
> b[,1]
[1] A B C D E
Levels: A B C D E
- 行列名
> b$bioplanet
[1] A B C D E
Levels: A B C D E
- 直接使用数据框中的变量的方法：
-- attach--detach 两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错
> attach(b)
> bioplanet
[1] A B C D E
Levels: A B C D E
> detach(b)
-- with
a <- data.frame(case=paste("S",1:10,sep = '_'),values=runif(10))
a
with(a,x<<-summary(values))
四、思考题
> save(X,file="test.RData")
Error in save(X, file = "test.RData") : 目标对象‘X’不存在
> X <- b
> save(X,file="test1.RData")
引用内容及测试数据来自自微信公众号--生信星球
