转录组入门学习（三）

学习——数据下载及质控

数据预处理

1. 准备工作

1.1 构建项目目录

“基因组文件”与“注释信息文件”放在同一个目录中
原始数据目录
结果文件目录：包括“比对结果”与“定量结果”

阿里云终端截图，不能安装tree包

#解决办法
sudo apt-get update #进行升级
#之后安装tree
apt install tree
#但是当时没考虑用conda直接安装tree
#安装完毕后，运行tree时发现有乱码，解决方法：
alias tree='tree --charset ASCII'

解决之后的tree命令状态

1.2 参考序列下载

参考基因组 fasta
注释信息 gtf/gff

1.3 原始数据上传

检查数据完整性：md5值
给自己的文件生成md5值：
比对已有的md5值：

md5sum *gz > md5.txt    #生成md5.txt文件
md5sum -c md5.txt       #检查md5文件的一致性

2. 质量控制：两个软件

2.1 FastQC

安装：conda

#FastQC为java软件，需要预先配置Linux java 环境
getconf LONG_BIT  #查看系统是32位还是64位
wget -c http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/8u151-b12/e758a0de34e24606bca991d704f6dcbf/jdk-8u151-linux-x64.tar.gz
tar zxf jdk-8u151-linux-x64.tar.gz  #解压缩
mkdir java
mv ./jdk1.8.0_151/ ./java  #将解压缩的文件移入新文件夹

#在profile中加入下面的内容
vi .profile   
JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_151
export JRE_HOME=/usr/java/jdk1.8.0_151/jre
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib:$CLASSPATH
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin:$PATH

reboot   #重启计算机

如何批量处理多个样品

#方法1：
fastqc sample*gz     #fastq文件不需要解压
rm -f *html    #删除所有html文件（-f (--force): 强制删除文件或目录，没有提示）
rm -f *zip     #删除所有zip文件

#方法2：
for i in 'ls *gz'; do fastqc $i; done #依次遍历以gz结尾的文件，并进行fastqc命令

#方法3：
ls *gz | xargs -I [] echo 'nohup fastqc [] &' > fastqc.sh
#并行处理多个样本
#解释：
#ls *gz |: 列出文件列表，并通过管道操作符传入后面
#xargs -I: xargs命令是给其他命令传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。把前一个命令的输出结果当做后一个命令的输入文件。
#它擅长将标准输入数据转换成命令行参数，xargs能够处理管道或者stdin并将其转换成特定命令的命令参数。
#[]: 替代符

2.2 MultiQC

安装：conda
特点：
1. 自动检测已有输出结果
2. 支持多种结果的整合
同时展示多个结果文件

3. 质量过滤

软件：Trimmomatic
特点：
1. 支持多线程，处理数据速度快
2. 主要用来去除 Illumina 平台接头
3. 根据碱基质量值对 fastq 进行筛选
4. 支持 SE 和 PE 测序数据，支持 gzip 和 bzip2 压缩文件
过滤依据
1. Illumianclip: 过滤reads 中的illumina 接头
2. LEADING: 从 reads 开头切除质量值低于阈值的碱基
3. TRAILING: 从 reads 末尾切除质量值低于阈值的碱基
4. SLIDINGWINDOW: 从 reads 的 5' 端开始，进行滑窗过滤，切掉碱基质量平均值低于阈值的滑窗
5. MINLEN: 丢弃经过剪切后长度低于阈值的这条 reads
6. TOPHRED33: 将 reads 的碱基质量体系转为 phred-33
7. TOPHRED64: 将 reads 的碱基质量体系转为 phred-64
使用
1. 接头序列的选择：
  "Illumian Single End" / "Illumian Paired End": "TruSeq2-SE.fa" and "TruSeq2-PE.fa"
  "TruSeq Universal Adapter" / "TruSeq Adapter, Index ...": "TruSeq3-SE.fa" and "TruSeq3-PE.fa"
2. 去接头参数的选择： true; false

#参数：
trimmomatic PE -threads 4 \
sample1_R1.fastq.gz sample1_R2.fastq.gz \
../02clean_data/sample1_paired_clean_R1.fastq.gz \
../02clean_data/sample1_unpair_clean_R1.fastq.gz \
../02clean_data/sample1_paired_clean_R2.fastq.gz \
../02clean_data/sample1_unpair_clean_R2.fastq.gz \
ILLUMINACLIP:/home/leon/miniconda2/share/trimmomatic-0.36-5/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1:true \
LEADING:3 TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50 TOPHRED33

trimmomatic PE -threads 4 \
sample2_R1.fastq.gz sample2_R2.fastq.gz \
../02clean_data/sample2_paired_clean_R1.fastq.gz \
../02clean_data/sample2_unpair_clean_R1.fastq.gz \
../02clean_data/sample2_paired_clean_R2.fastq.gz \
../02clean_data/sample2_unpair_clean_R2.fastq.gz \
ILLUMINACLIP:/home/leon/miniconda2/share/trimmomatic-0.36-5/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1:true \
LEADING:3 TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50 TOPHRED33

#注意：冒号 ':' 之后没有空格，否则会报错

sample1运行结果

sample2运行结果