人类有意无意地利用微生物已经有几千年的历史，在长期的生产实践中，积累了丰富经验。
(1)原始发展时期
最初可能是人类发现储存水果会自然发酵变酒，而逐渐形成酿酒技术。相传，在埃及和中亚两河流域，在公元前40世纪至公元前30世纪已开始酿酒。我们的祖先利用微生物将谷物发酵成酒类，至少是在四千年以前。
在夏禹时期已有了关于夏少康(即杜康)造秫酒的记载。随着社会的发展，又出现制酱和酱油、醋、泡菜、奶酒、干酪技术和面团发酵。这个时期，发酵技术原始，顶多是家庭小制作，技术进步缓慢，完全是经验式的。在几千年的文明史中，人们只知道这样做可以得到所需的东西，并不知道其中的原理。
(2)传统发酵工业时期
1857年法国微生物学家巴斯德通过实验证明了酒精发酵是由活的酵母引起的。1897年德国的毕希纳进一步发现，即使将酵母磨碎，仍然能使糖发酵形成酒精，他将这种具有发酵能力的物质称为酶。从而人们才开始了解发酵现象的本质。
从19世纪末到20世纪30年代，随着人们对微生物世界认识的不断深入和发展，利用微生物生产的新产品不断出现，例如，酒精、乳酸、面包酵母、丙酮、丁醇、柠檬酸、淀粉酶和蛋白酶等。这些产品的生产，采用开放式的发酵方式，生产过程较为简单，对生产设备要求不高，规模一般不大，因此被称为传统发酵工业。
(3)现代发酵工业时期
随着酿酒工业的发展，现代酿酒技术也有了很大进步。尤其是在中国，酒产品的结构有了明显的变化，已从高酒度向低酒度发展，从粮食酒向果露酒转变;产品质量也有了明显提高。70年代末以来,中国在已往研究酒曲微生物区系、改进生产工艺及解剖酒类芳香成分等工作的基础上，大量推广新技术，对提高酿酒工业的技术水平起了重要作用。
