一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引
打开NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“
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点击 Ovis aries
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点击 Ovis aries(sheep）
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右边表格Click on the “Subtree links” for Nucleotide:
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左边选择rRNA(281)
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选择显示200perpage，让所有记录都放在一页，以便下载全部的条目
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点击send to,设置为上图的参数,点击create file
二、bowtie2建立rRNA索引
下载bowtie2
conda install -y bowtie2
建立索引
bowtie2-build sheep_rRNA.fasta sheep_rRNA
三、利用bowtie2去除rRNA
针对单端测序文件（single-end）
bowtie2 -x /public/jychu/reference/index/bowtie2/sheep/rRNA/sheep_rRNA --un-gz ${i}_IP_rmrRNA.fastq.gz -U ${i}_IP.read1_Clean.fastq.gz -p 8 -S ${i}_rRNA.sam; rm ${i}_rRNA.sam
针对双端测序文件（paired-end）
bowtie2 -x /public/jychu/reference/index/bowtie2/sheep/rRNA/sheep_rRNA -1 T_F2a_1_1.fq.gz -2 T_F2a_1_2.fq.gz --un-conc-gz T_F2a_input_rmrRNA.fastq.gz -p 8 -S T_F2a_rRNA.sam; rm T_F2a_rRNA.sam;
结果如下
-rw-r--r-- 1 jychu jychu 2.5G Oct 21 2017 T_F2a_1_1.fq.gz
-rw-r--r-- 1 jychu jychu 2.9G Oct 21 2017 T_F2a_1_2.fq.gz
-rw-rw-r-- 1 jychu jychu 558M Mar 7 22:03 T_F2a_input_rmrRNA.fastq.1.gz
-rw-rw-r-- 1 jychu jychu 609M Mar 7 22:03 T_F2a_input_rmrRNA.fastq.2.gz
(参考链接：https://www.jianshu.com/p/10477f96f12e)
bowtie 去核糖体RNA
下载bowtie
conda install -y bowtie
建立索引
**bowtie-build sheep_rRNA.fasta sheep_rRNA**
去核糖体RNA
bowtie -v 3 --norc /public/jychu/reference/index/bowtie/sheep/rRNA/sheep_rRNA -q <input>.fastq --un <output>.fastq
