一、平板上无克隆或克隆数目很少
1、可能的原因：引物序列不正确
解决方案：确认引物序列含有15 bp与载体插入区域完全一致的同源序列。
2、可能的原因：PCR产物不纯
解决方案：优化PCR扩增反应以得到单一PCR产物；换一种纯化方法，纯化您的PCR产物。
3、可能的原因：反应体系中DNA浓度太低
解决方案：在重组反应中，加入推荐的DNA量。
4、可能的原因：不纯的载体或插入片段抑制重组反应
解决方案：推荐采用胶回收或离心柱法纯化DNA后进行重组反应。
5、可能的原因：转化过程中加入重组反应液过多
解决方案：重组反应液的转化体积不应超过转化细胞体积的1/10。
6、可能的原因：感受态细胞转化效率低
解决方案：更换新鲜、高效的感受态细胞。
7、可能的原因：培养基中加入错误或过多抗生素
解决方案：在转化平板中加入正确、适量的抗生素。
二、假阳性克隆数目多
1、可能的原因：克隆载体线性化不完全
解决方案：重新酶切您的载体，增加酶切时间，并胶回收纯化。
2、可能的原因：PCR使用的模板质粒抗性与所需克隆载体抗性相同造成的污染
解决方案：可在PCR反应之前先将模板质粒线性化；PCR产物用DpnI处理，消化模板质粒，然后再纯化。
3、可能的原因：转化用平板放置时间过长导致抗性失效
解决方案：确认平板新鲜配置，并含有正确、适量的抗生素。
三、克隆含有不正确的插入片段
可能的原因：PCR产物混有非特异性片段
解决方案：优化PCR扩增体系，提高特异性或胶回收纯化目的片段。
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