1.Busco完整度评估;
2.测序深度、覆盖度评估;
2.1 使用samtools计算每个位点的测序深度
a) bwa比对
b) samtools depth -a *.bam > base_depth.txt ##-a 输出所有位点,包括未被覆盖到的位点
2.2使用sambamba计算区间深度
a) sambamba index *.bam -t 40
b) sambamba depth window -t 40 -w 150 --min-coverage=0 *_sorted.bam > 150base_depth.txt ##-w设置window大小