merqury组装基因组评估:未完成

1.Busco完整度评估;

2.测序深度、覆盖度评估;

2.1 使用samtools计算每个位点的测序深度

a) bwa比对

b) samtools depth -a *.bam > base_depth.txt ##-a 输出所有位点,包括未被覆盖到的位点

2.2使用sambamba计算区间深度

a)  sambamba index *.bam -t 40 

b)  sambamba depth window -t 40 -w 150 --min-coverage=0 *_sorted.bam > 150base_depth.txt   ##-w设置window大小


3.转录本比对评估;

4.merqury评估完整度,QV值和错误率。

未完成待更新

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