全长转录组更新

########更新版

minimap2生成的sam文件是没有header的，那使用samtools转bam并排序的时候会报错，这一部分可以自己手动加上

samtools faidx genome.fa
python ~/hychao/script/get_minimap_header_from_fai.py genome.fa.fai > header
cat header movie.maped.hq.sam > new_header.sam
samtools view -bS new_header.sam|samtools sort -o new_header.sorted.bam
samtools index -c new_header.sorted.bam #可以放到IGV里查看
nohup ~/hychao/biosoft/cDNA_Cupcake/cupcake/tofu/collapse_isoforms_by_sam.py --input movie.unpolished.hq.fasta -b new_header.sorted.bam -c 0.9 -i 0.85 --dun-merge-5-shorter -o tofu_hq_isoforms.fasta.no5merge &
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