全基因组选择GS软件: MiXBLUP 2.1介绍
MiXBLUP 2.1
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使用系谱信息和基因组信息估计育种值
软件介绍
MiXBLUP是一款遗传评估软件, 适合所有的育种机构. 它可以利用系谱和基因组信息估计育种值, 给出方差组分. MiXBLUP可以加快育种进程, 加大遗传进展, 使用简单, 非常适合数据量大, 模型复杂的运算.
它还支持各种亲缘关系矩阵, 比如系谱构成的A矩阵, SNP构成的G矩阵, H矩阵, SNP回归分析等.
怎么使用软件
MiXBLUP可以从这里下载, 它是一款商业软件, 可以在这里预定.
MiXBLUP可以提供30天的免费试用, 仅供测试使用, 试用版软件可以无限制的使用, 但是只给出1000个育种值.
商业版的软件可以购买, 没有限制.
MiXBLUP
MiXBLUP的优势
MiXBLUP是速度非常快的软件, 特别是针对模型复杂, 数据量大的运算比较有优势, 可以运行随机回归模型, 全基因组选择, 一步法, SNP回归等等.
软件来源
MiXBLUP是由荷兰瓦格宁根大学, 动物育种与基因组中心实验室开发, MiXBLUP的核心是MiX99.
MiXBLUP软件应用在奶牛育种, 肉牛育种, 猪育种, 家禽育种, 山羊育种, 绵羊育种等领域.
MiXBLUP is developed by scientists of LUKE National Resources Institute Finland and the Animal
技术支持
商业版授权软件, 技术支持包括: 软件安装相关问题, 模型书写及运行相关问题. 网站提供相关的学习使用文档.
MiXBLUP的特色
- 速度快
- 支持复杂模型
- 适合所有动物育种
- 可以处理大群体
- 可以支持63个性状同时运行
- 支持基因型和表型数据联合分析
- 界面友好
- 和其它软件链接友好
- 可以运行在Windows和Linux平台
- 提供专业化的技术支持
MiXBLUP的结果文件
- 估计育种值(BLUP, GBLUP)
- 给出估算的标准误
- 给出估算的准确性
- 给出所有的效应值
MiXBLUP可以处理
- 数据和系谱中支持字符串
- 基因组相关的文件格式都支持
- 支持大数据
- 性状数没有限制
- 固定因子和随机因子数没有限制
- 支持位置亲本或者遗传组
- 其它遗传效应: 母体效应, 永久环境效应等
- 随机回归模型
- 基因与环境互作
- QTL效应可以包括到模型中, 支持IBD矩阵
