conda官网:https://conda.io/miniconda.html
1.下载Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.安装
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#安装
3.安装完成后可以选择加入PATH,若不加入PATH 进入miniconda/bin文件 conda activate 进入conda环境
4.给conda添加频道,以下两个为官方提供的频道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
5.用conda安装软件,这里以安装R为例
创建R环境安装R
(1)conda activate #进入conda 环境
(2)conda create -n R3.8 #创建一个R环境
(3)source activate R3.8 #激活R环境
(4)conda install r-base #安装R
(5)conda install r-stringi #安装R包 以 stringi R包为例
(6)conda deactivate 退出当前环境
在不创建R环境的情况下安装R conda install -c r r
其他查看命令:
conda info --envs #查看当前环境 *标记
conda list #查看环境下安装的R包和版本
conda env remove -n R3.8 #删除该环境
conda env list #查看所有环境
软件安装完 不能只让他在conda环境下发挥作用,在目录下(随便一个喜欢的目录)建文件夹aa 将conda目录下 软件的bin文件 通过软连接 放到aa文件夹下 :ln -s ~/miniconda3/bin/R /aa
当我把deeptools 软连接过去 其里面的命令找不到,子命令也在bin里,全部软连接过去
将aa文件夹所在目录加入 ~/.bashrc PATH中,并 source ~/.bashrc OK啦!!!
小问题:有时候安装完conda 每当source ~/.bashrc 就会进入conda环境 ,怎么解决呢?
vim ~/.bashrc #打开 ~/.bashrc
注释掉以下部分