在afni, suma和freesurfer中自定义colorbar

在写文章的过程中大脑的激活图,ROI的颜色等需要和文章的整体风格以及数据展示的颜色相匹配,这时候需要使用自定义的color。

由于最近使用到了suma,所以这里根据以suma为例,展示如何自定义colorbar。在suma中使用自定义的colorbar,用到的是afni命令生成的cmaps文件,步骤如下:

afni的命令:MakeColorMap

根据命令行的步骤:

1. 写一个color的txt文件,如blueRed.txt:

#integer label String Label      R G B A

0                    Small_Face        0  0  1  1

1                    red                      1  0  0   1

inter label用0开始的整数表示,整个color bar需要等分成多少种颜色,就设置多少个数值;

RGB的颜色可以是0-1,也可以是0-255,A的值不用管,可能是透明度之类的;

注意:这里很容易出错的是,inter label的值需要从0开始,如果从1开始,那最下面的color就是空白;

2. 执行afni的命令:

MakeColorMap -usercolutfile blueRed.txt -suma_cmap blueRed

执行结果会在当前目录下生成cmaps文件:blueRed.niml.cmap

3. 打开suma根据需要导入自定义的cmaps文件:

cmaps
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