学习笔记-如何阅读质粒图谱

最近因为新冠肺,迟迟不能上班,在家闲着想着也要学习,就查找了和工作相关的-学些构建质粒,那么首先需要学习如何看质粒图,下面是这两天学习到的,总结的记录一下:

1. 复制起始位点Ori,了解质粒的类型(原核/真核/穿梭质粒),Ori的箭头指复制方向,其他元件标注的箭头多指转录方向(正向)。

2.再看筛选标记,如抗性,决定使用什么筛选标记:

Ampr:水解β-内酰胺环,解除氨苄的毒性。

tetr :可以阻止四环素进入细胞。

camr:生成氯霉素羟乙酰基衍生物,使之失去毒性。

neor(kanr):氨基糖苷磷酸转移酶,使G418(卡那霉素衍生物)失活。

hygr:使潮霉素β失活。

3. 看多克隆位点(MCS):它具有多个限制内切酶的单一切点(质粒上只能有该内切酶的唯一酶切序列,不然就一刀好几段了),便于咱们要研究的基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入,会导致某种标志基因的失活,而便于筛选,最常见的是β-半乳糖苷酶的蓝白斑筛选系统。

4.再看外源DNA插入片段大小:质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说,外源DNA片段越长,越难插入,越不稳定,转化效率越低。

5.是否含有表达系统元件,即启动子(promoter)-核糖体结合位点(RBS)-转录终止信号(AATAAA同时是poly A)。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体,还是要以实验目的为准绳。

6.看报告基因:主要是为了能迅速检查功能基因是否表达的阳性判断,表达成功的蛋白在小鼠体内分布位置。

7.看质粒图谱上的箭头:它代表DNA两条链(正义链和反义链),即质粒是环状双链DNA,它的启动子等在其中一条链上,而它的抗性基因在另一条链上。

上面这些只是表面,要想自己完全会构质粒的话还需要加深学习,问专业人士,接下来几天加油学习。

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