2020-07-21 下载dbgap数据

今天把官网流程全部看了一遍按照这样操作了，看了一下数据正在下载，明天看一下有没有报错产生，不知道会有啥问题等待解决。

Source：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK36439/

下载步骤

使用NCBI的SRA toolkit中的prefetch命令行功能和cart文件或者SRA accession进行下载

  1. 下载并安装Aspera connect

Aspera：一个高速文件传输系统，方便下载数据。

下载链接：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list

确保你安装的是connect
  1. 选择并保存数据信息在cart文件中
    （除了cart文件，也可以根据SRA accession下载，步骤5中详解）
  • 登录dbgap
  • 点击My Requests，查看批准的请求
approved

  • 查看request file



    选择dbGap file selctor下载基因型和表型数据



    选择SRA RUN selector下载SRA数据

  • Wait until the page loading is complete. Click on the “Help” icon on top of the page to see instruction/information about the selector).

  • 选择数据并下载Cart文件（这里是non-SRA数据）



    non-SRA cart文件
    下载的SRA cart文件
  1. 编译SRA toolkit

image.png

Quick Toolkit Configuration
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/03.-Quick-Toolkit-Configuration

$ vdb-config -i

A. 选择"Remote Access"


B. 转到"Cache"选择"local file-caching"并设置路径（必须是空文件夹）


C. 转到"cloud provider"并且选择"report cloud instance identity"


image.png
  • 在编译SRA toolkit过程中导入"dbGaP repository key"
    编译后会自动创建文件夹类似于~/ncbi/dbGap-XXXXX（也叫做工作目录）
    这个目录下会有子目录，比如sra,refseq等等。
    【最近把版本更新到3.0版本后发现，不再需要额外导入dbGaP repository key了】在prefetch中增加了--ngc参数，下载时给出key即可。
prefetch --ngc prj_33085.ngc --cart cart_DAR116028_202209070105.krt
  • dbGaP repository key文件包括了SRA Toolkit所需要用来确定申请人和dbga数据所属项目的信息，那么如何下载dbGaP repository key呢？
    在action位置找到对应的批准的数据对应的project的get dbGap repository key，下载得到.ngc格式的文件。

什么是cart文件或SRA accession？

  • 数据块
    cart文件中提供了dbgap的非SRA和SRA数据文件块
  • 单个SRA
    当得到单个的SRR accession时可以下载单个的SRA run

但是不管是以上哪种情况，在执行命令前，sratoolkit都要使用dbGaP repository key来编译。

  1. 使用prefetch进行数据下
    在通过编译产生的 dbGaP project directory目录下，运行prefetch命令，把cart文件的地址写完整，
    nohup和末尾的&可以后台运行
    -X 99999999 是下载大小限制放大
    > nohup prefetch -X 9999999999999 /public/home/liuxs/taozy/dbGap/cart_DAR94672_202007210554.krt &

sra解压成fastq文件报错，使用validate检测

(wes) [myname@HPC-login sra]$ vdb-validate SRR7554958
2020-07-23T02:26:44 vdb-validate.2.10.0 info: Validating '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra'...
2020-07-23T02:26:44 vdb-validate.2.10.0 info: Validating  encrypted file '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra'...
2020-07-23T02:27:31 vdb-validate.2.10.0 info: Encrypted file '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra' appears valid
2020-07-23T02:27:34 vdb-validate.2.10.0 info: Database 'SRR7554958.sra' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:34 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'PRIMARY_ALIGNMENT' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:34 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'GLOBAL_REF_START': checksums ok
2020-07-23T02:27:35 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'HAS_MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:36 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'HAS_REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:36 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MAPQ': checksums ok
2020-07-23T02:27:37 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:37 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:38 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:38 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET_TYPE': checksums ok
2020-07-23T02:27:38 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_ORIENTATION': checksums ok
2020-07-23T02:27:39 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_READ_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_SPOT_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'REFERENCE' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_HIGH': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_INDELS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_LOW': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_MISMATCHES': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CIRCULAR': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CS_KEY': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'OVERLAP_REF_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'OVERLAP_REF_POS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'PRIMARY_ALIGNMENT_IDS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SECONDARY_ALIGNMENT_IDS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_START': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'SECONDARY_ALIGNMENT' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'GLOBAL_REF_START': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'HAS_REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MAPQ': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MATE_REF_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MATE_REF_ORIENTATION': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MATE_REF_POS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET_TYPE': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_ORIENTATION': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_READ_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_SPOT_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'TEMPLATE_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'TMP_HAS_MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'TMP_MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'SEQUENCE' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'ALIGNMENT_COUNT': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CMP_ALTREAD': checksums ok
2020-07-23T02:27:44 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CMP_READ': checksums ok
2020-07-23T02:27:44 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'PLATFORM': checksums ok
2020-07-23T02:27:47 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'PRIMARY_ALIGNMENT_ID': checksums ok
2020-07-23T02:28:58 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'QUALITY': checksums ok
2020-07-23T02:29:00 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'RD_FILTER': checksums ok
2020-07-23T02:29:03 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'READ_TYPE': checksums ok
2020-07-23T02:29:51 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: SEQ_SPOT_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_ID  76.3% complete
2020-07-23T02:29:53 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: SEQ_SPOT_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_ID 100.0% complete
2020-07-23T02:29:53 vdb-validate.2.10.0 info: Database '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra': SEQUENCE.PRIMARY_ALIGNMENT_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT.SEQ_SPOT_ID referential integrity ok
2020-07-23T02:30:10 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: REF_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_IDS  76.3% complete
2020-07-23T02:30:11 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: REF_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_IDS 100.0% complete
2020-07-23T02:30:11 vdb-validate.2.10.0 info: Database '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra': REFERENCE.PRIMARY_ALIGNMENT_IDS <-> PRIMARY_ALIGNMENT.REF_ID referential integrity ok
2020-07-23T02:30:11 vdb-validate.2.10.0 info: Database 'SRR7554958.sra' is consistent
表型数据解密

下载下来的表型数据后缀是.ncbi.enc，需要进行解密


分为导入密钥和进行解密两个步骤

$ vdb-config --import xxxx.ngc
$ vdb-decrypt xx.ncbi_enc # 单个文件解密
$ vdb-decrypt ~/ncbi/dbGaP-26086/files/ # 整个表型数据存放的文件夹进行解密

解密完成之后，文件的后缀不见了，变成了正常的文件格式
【新的版本做了更新，vdb-config --import 失效了，此功能整合进vdb-decrypt --ngc】

部分sra文件下载失败的解决方法

提取下载失败的SRRXXX名字，放入一个新的文件中，对这个新的文件进行prefetch下载

步骤：

  1. 创建一个shell脚本
$ vi download.sh

shell脚本内容如下：

cat是逐行读取文件按内容，我的文件每行都是SRA序号，就是直接`prefetch`的对象。
  1. nohup提交shell脚本

开始下载...

文件整理：

  • 从上到下分别是cart file(selected accession for processing sra toolkit)、key(密钥)、下载的SRA内容（full list of accession recordset）

[图片上传失败...(image-1963a2-1598250164533)]

  • 下载表型

  • 下载过程中出现的这些文件是做啥用的？？？？

    [图片上传失败...(image-f0c890-1598250164532)]

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