申时行把他的书房命名为"赐闲堂"。上天已经赐给他闲暇，他就用来游山玩水，写字吟诗。书中诗文内容涉及的各方面很广泛；但是一有机会，对往事的回忆和感慨总是很自然地在笔下流露。"可以看出，他对他的一生功过有自己的 信心。生当末世而身居首辅，他的困难带有时代性，其中情形特别，不是从组织上和技术上可以解决的。

在退职闲居以后，这位昔日的首辅对自己的过去毫无忏悔之意。他的思想平静，他的良心没有遗憾，因为形格势禁，他只能用调和折衷的办法来解决问题。

他当然听到过别人的批评。有人说张居正虽然刚愎自用，毕竟还有所成就，而忠厚长者申时行的记录却如同一张白纸。对这些抹杀事实的意见，申时行自然不为所动。在他看来，以道德力量作为施政的根本，关键在于防止坏事发生，而不在于琐屑地去解决问题。 他身居首辅，处心积虑地想在幕后不动声色地解决这个难题，而许国偏偏不能体恤时艰，将折冲于樽俎之间的底细，全盘托底公布，以致弄到不可收拾。

自古以来，治理黄河就是我们帝国的一大难题。由于河水流经黄土高原，疏松的黄土随着河水顺流而下，沉积于河床；河床过高，一旦遇到洪水，就极易冲决河堤，造成严重的水灾。每次决口，生命财产的损失均不可胜记。可是对于这一问题，中枢的唯一办法，就是责成总理河道的御史妥善处置；其中技术上的问题和人力物力的动员，都需要这位钦差大臣在他职责范围之内就地解决。

首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡河道紧缩说。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小。流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。

1590年，本朝的一个被称为"方大醉"的下级军官，听到军士报这一从此中看面。计划和称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。顺义王攘力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。

然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信搪力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个副手，再着老师利部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事解决。确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。