有时候利用R安装R包,出现错误:
Warning in install.packages :
unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib:
cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
package ‘readxl’ is not available (for R version 3.4.1)
可能是因为国外的rstudio或者其他源链接不上,此时换成国内源即可解决问题,更换方法如下:
##1. 使用Rstudio
打开
tool -> Global options -> packages
##2. 使用终端
在使用终端命令行安装包的时候,可以直接指定源,命令如下:
install.packages(‘gdata’, repos = ‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN’)
##3. 更改配置文件
linux或mac系统下,安装速度过慢,更改为国内源方案,编辑~/.Rprofile, 指定国内CRAN源:
options(repos=structure(c(CRAN=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)))
指定国内bioconductor源:
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
options(BioC_mirror=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)
biocLite(“clusterProfiler”)
通过Rprofile自定义函数:
source.bioconductor <- function(){
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
}
通过调用source.bioconductor()函数,改变源并安装包
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作者:常玉俊bioinfo
来源:CSDN
原文:https://blog.csdn.net/chang349276/article/details/79295821
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