TCGA-204-使用firehose网页工具

TCGA-204-使用firehose网页工具

ucsc中的xena整理的数据非常全,但这个浏览器只能做感兴趣的一个一个基因,当我们没有感兴趣的基因怎么办呢?

  • 谷歌搜索-firehose tcga-了解这个工具的用法

接下来介绍BROAD

  • 非点对点分析,把东西分析好自己观察,找到感兴趣的,同一部位的癌症有的会联合在一起(如COADREAD)。有些mormal病人也会被纳入。

  • 点击analysis下的 browse,会列出相当于xena网页工具中列出的一个基因的不同信息,包括DNA突变、拷贝数变,RNA测序的不同的不同计数的表达量。两种Browser方式(analysis和data):如下

  • 点击analysis下的Browse

可以把数据下载下来作为xena数据库的补充

同时也可以通过下面的过程看到1098个BRCA的报告

再举个🌰

进入xena网页,验证一下看是否相关性这么大,回到xena

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