Win10的Ubuntu子系统中,R(3.6.3)环境下无法安装XML的问题。
在R环境下,安装"ballgown"软件时,需要安装依赖包“annotate”,安装过程中,报错:
ERROR: dependency ‘XML’ is not available for package ‘annotate’
即缺少 XML 依赖包。而尝试安装XML时,使用多种方法都报错如下:
package ‘XML’ is not available (for R version 3.6.3)
解决方法如下:
先从 https://cran.r-project.org/web/packages/XML (或其他镜像站)下载合适的安装文件(这里使用的是XML_3.99-0.3.tar.gz)。
将安装包放置于R的目录中,执行:
packagedir <- file.choose()
并输入安装包名称(即XML_3.99-0.3.tar.gz)。
而后执行:
Sys.setenv(R_INSTALL_STAGED = FALSE)
这条指令在R 3.6之后的版本中,可以解决在进行软件包安装时,出现的如下报错:
ERROR:moving to final location failed
最后执行:
install.packages(packagedir , repos=NULL, type="source")
等待一段时间后,XML 安装完毕。
可使用:
installed.packages()[,c('Package','Version','LibPath')]
查看已安转的R包。
至此问题解决。
参考: