[Metagenome-2]Remove the host sequence

对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.
去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads 比对到宿主参考基因组上,我能将能够比对上的reads 进行去除.主要用到的软件是bowtie2
运行命令如下:
bowtie2-build reference.fasta index_name
bowtie2 -x index_name -1 mate1.fq -2 mate2.fq -S mappped -un-conc unmapped_file.fq

通过比对我们将产生两个unmapped_file_1.fq,unmapped_file_2.fq文件.这两个文件中的reads将用于后续的分析.

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