ggplot2画tSNE（UMAP）的聚类点图（带圈带阴影）

今天我们学习一点简单的，实现下面这张图

图片.png

绘图：

1. 首先加载数据，然后用查看一下数据长什么样子

head(dat)
##          tSNE_1    tSNE_2  cell cluster
## 6A-11 -1.910859 -26.09210 6A-11       2
## 6A-13 -3.498666 -27.66961 6A-13       2
## 6A-14 -7.646899 -12.26195 6A-14       2
## 6A-15 -2.986069 -27.00602 6A-15       2
## 6A-16 -7.633320 -12.21226 6A-16       2
## 6A-17 -4.207616 -25.12467 6A-17       2

2. 开始画图：

首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分别对应数据中的tSNE_1、tSNE_2和cluster，所以用映射来实现。

library(ggplot2)
ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()

图片

3. 给cluster添加一个圆圈在ggplot2中通过stat_ellipse()实现。

rm(list=ls())
load("for_tSNE.pos.Rdata")
ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()+
  stat_ellipse()

图片

4. 修改图片细节：

* stat_ellipse()中增加参数，按cluster画填充

ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()+
  stat_ellipse(aes(fill=cluster),
               geom = "polygon")

图片.png

* 把填充的透明度改一改

ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point()+
  stat_ellipse(aes(fill=cluster),
               geom = "polygon",
               alpha=1/5)

图片

* 最后再对图片进行一些微调：点的大小、圆圈实线改虚线、圆圈线的粗细、坐标轴的出戏以及主题等等。

ggplot(dat,mapping = aes(x=tSNE_1,
                         y=tSNE_2,
                         col=cluster))+
  geom_point(size=2)+
  stat_ellipse(aes(fill=cluster),
               geom = "polygon",
               linetype = 2,        ###圆圈线的类型
               size=1,              ###圆圈线的粗细
               alpha=1/5)+
  theme_classic()+
  theme(axis.line = element_line(size=1.2, colour = "black"))  ###坐标轴的粗细

图片

对比一下：

图片

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