MetaPhlAn4 Meta taxon

Github: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4

安装

# 超算安装
source /public/home/zzumgg03/huty/softwares/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda create --name metaphlan4 -c conda-forge -c bioconda python=3.7 metaphlan

数据库

地址：http://cmprod1.cibio.unitn.it/biobakery4/metaphlan_databases/

数据库解压，bowtie2建库

source /public/home/zzumgg03/huty/softwares/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate metaphlan4

bowtie2-build --threads 30 \
-f mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103_SGB.fna \
mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103 # 同时改名

使用

# 核心代码
source /public/home/zzumgg03/huty/softwares/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate metaphlan4

for i in `ls split_conta/$infile/`; do
    metaphlan \
    split_conta/$infile/$i/${i}_1.fastq,split_conta/$infile/$i/${i}_2.fastq \
    --nproc 30 --input_type fastq \
    -o ./00_metaphlan4/result/${i}.txt \
    --bowtie2db /public/home/zzumgg03/huty/databases/metaphlan4/ \
    --index mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103 \
    --bowtie2out ./00_metaphlan4/result/metagenome.bowtie2_${i}.bz2
done

输入
1 数据库地址，index
2 fastq
输出
1 metaphlan4结果表
2 bowtie2比对结果（必须，可重复利用）

结果