1. 组装不完整，PCR扩增出来的序列不存在与基因组中。
解决方法：
1.1 重新组装，针对测序数据质量不高，基因组组装指标不高的情况，最好的办法就是用最新的组装软件（注意版本）进行组装，软件的更新对基因组组装质量有大的影响。
1.2 部分组装，筛选原始数据中是否存在和目标序列相似的reads,提取出来进行组装，再加到基因组中。如果没有需要进一步核查PCR的准确性
2.注释不完整，PCR扩增出来的序列和组装不一致
注释依赖转录组数据和同源物种组装质量，会存在注释不完整的现象，将基因组中该部分区域提取出来重新注释，提取的时候可在上下游多提取几千bp, (注意可能会覆盖其他基因，一些发生串联重复的基因在基因组的位置紧挨)。提取出来的序列可使用在线网站进行重新注释（softberry）或者注释软件
