中医学有古典中医学与现代中医学之分，因此中西医结合也有古典中医学与西医的结合和现代中医学与西医学的结合之分。作为中医理论家，丁小平先生认为中西医结合在理论上和实践上所取得的成就是有目共睹的，但问题也不少，主要表现在基本指导思想上的偏差。
1、有效结合中医辨证和西医分子病理学
在中西医结合诊断学中，没有解决西医借鉴辩证强化诊断问题，也没有解决中医借鉴分子病理学强化辨证问题，而解决这些问题的根本在于理解辩证的分子病理学意义与西医分子病理的辩证意义。
2、在药物使用上中西医应相互借鉴
在中西医结合治疗学中，中医首先应该做的是弄清西药，尤其是常用的西药的性味及其归经，西药用于患者后，对虚实、寒热、表里和阴阳方面的作用进行总结；西医首先应做的是弄清中药，尤其是常用中药在西医意义上的病理和药理中的作用。这些是中西医结合的前提，不可把中西医结合理解为中西医独立并治。中西医结合的根本不在于“中、西医”，而在于“结合”。丁小平先生说：“现行中西医结合教材展现了中西医结合的理论和实践。不管是中西医结合生理学，还是中西医结合诊断学乃至治疗学中，基本上都表现为中、西医分立，而不是中、西医结合。”
3、中西医结合发展需理清中西医概念
丁小平先生还指出，中西医结合做得不够好，还在于中西医概念混乱，尤其表现在中西医的药物、器械和手法上。中、西医的区别不在于药物、器械和手法最初属于谁，而在于用哪一医学的思想驾驭。西医使用黄连素并不是剽窃中医，因为西医是按照自己的药理和病理使用黄连素的；中医把阿莫西林放到自己的组方中也不见得是黔驴技穷，要看是不是按照气味、归经和君、臣、佐、使关系来进行使用。中西医借鉴、中西医融合和中西医结合的前提都在于中、西医各自按照自己的理论甄别对方的药物、器械和手法。
