1979年成立力学系，1982年成立社会学系，1983年考古学专业从历史学系分出独立建系，同年成立王选教授任所长的计算机科学技术研究所。北大逐步实行了校、院、系三级管理体制改革，设立了经济学院等多个学院。设立方正集团、北大青鸟集团等公司，促进科技成果转化。
1979年9月，著名经济学家、教育家马寅初平反，教育部任命其为北京大学名誉校长。
1996年10月、1998年5月，北大成为国家高等教育“211工程”、“985工程”首批重点建设的高校之一。
1998年5月4日，北京大学举行百年校庆，北大的百年校庆也令世界瞩目，时任联合国秘书长安南在贺信中称："北京大学是一个名声显赫的学术中心。"英国牛津大学校长卢卡斯代表前来参加庆典活动的世界60余所著名大学的校长高度评价了北京大学百年来形成的学术风气。美国斯坦福大学校长盖哈尔·卡斯帕尔则在接受记者采访时说，北京大学的百年纪念具有特殊的意义，值得来自世界各国的大学校长们在此相聚一堂。
1999年11月，许智宏院士出任北京大学校长。
2000年4月3日，同根同源的北京大学与北京医科大学合并，组建了新的北京大学。原北京医科大学的前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日。20世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北京大学。1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离北京大学，独立为北京医学院。1985年更名为北京医科大学。1996年成为国家首批“211工程”重点支持的医科。2001年，北大启动“元培计划”，贯彻“加强基础，淡化专业，因材施教，分流培养”的办学方针，实践新的人才培养模式。
2001－2002年，北京大学先后组建、成立了政府管理学院、新闻与传播学院、物理学院、地球与空间科学学院、环境学院、信息科学技术学院、软件学院、对外汉语教育学院。
2002年2月，时任北大计算机科学技术研究所所长、北大方正技术研究院院长王选院士获得2001年度国家最高科学技术奖，他是中 国现代印刷革命的奠基人，被人们誉为“当代毕升”。
2014年5月，北大启动“燕京学堂”项目，为来自海内外一流大学的学生开设的一年制“中 国学”硕士学位。
2018年，北大汇丰商学院将设牛津校区，该校区主要招收英国和欧洲其他国家的学生，修读北大金融学、管理学、经济学硕士学位。
