1.适用范围和作用的不同 项目申请报告是政府行政许可的要求，仅适用于企业投资建设实行政府核准制的项目。 政府投资项目和实行备案制的企业投资项目，均不需要编制项目申请报告。
2.目的不同 企业投资项目，可行性研究报告的目的是论证项目的可行性，提交企业内部决策机构审 查批准；以及提交贷款方评估，以便其做出贷款决定。 项目申请报告是对政府关注的项目外部影响，涉及公共利益的有关问题进行论证说明， 以获得政府投资主管部门的核准(行政许可)。
3.内容不同 可行性研究报告不仅要对市场前景、技术方案、设备选型、项目选址、投资估算、融资 方案、财务效益、投资风险等方面进行分析与研究；而且，要对政府关注的涉及公共利益的 有关问题进行论证。
项目申请报告主要是从规划布局、资源利用、征地移民、生态环境、经济和社会影响等 方面对拟建项目进行论证，对市场、技术、资金来源、财务效益等不涉及政府公权力等“纯 内部”问题，不作为主要内容
