RNAseq步骤

RNAseq建库使用：你要的单细胞全长转录本建库方案：smart-seq3来了 - 简书 (jianshu.com)

参考网站：RNAseq常规流程 - 简书 (jianshu.com)

1. 软件下载

SAMtools, bam-readcount,HISAT2,StringTie,gffcompare,htseqcount,TopHat,kallisto,FastQC,MultiQC,Picard,Flexbar,Regtools,RSeQC,Rlibraries,Bioconductor,nSleuth

2. 数据下载

参考网站：Aspera下载安装使用 - 简书 (jianshu.com)

1）先下载一个数据下载工具Aspera Connect
conda install -c hcc aspera-cli -y
ascp -h #测试是否下载成功，有帮助文档即下载成功

2）使用该工具下载数据

• 先查看这个数据的基本信息，在ENA数据库搜索框中输入SRX号，或者SRR号，点击experiment相关信息，可以看到这个样本的信息。library layout为single表示这个测序模式是单端测序。如果是paired则为双端测序。
  进入ENA官网，输入待下载样本的SRR号，如SRR9102786.输入后点击进入该样本详细介绍页面。右上角小箭头是下拉选项，选择fastq-aspera。单击图中的SRR9101786.fastq.gz（click link to copy URL），即复制了该文件的下载链接。注：fastq文件：一般测序返回的数据以filename.fq.gz的文件格式储存。批量化下载请参考网站：使用aspera从EBI下载fastq数据 - BPSO_mynotes - 博客园 (cnblogs.com)