记录一些R Markdown中与一般的Markdown不同的用法。
1.代码块设置
-
echo=FALSE最终的文档中不会显示代码，只会显示代码运行的结果和图像 -
results="hide"隐藏结果，显示图像 -
include=FALSE隐藏代码和运行的输出（写报告时可使用include=FALSE来隐藏所有的代码，从而突出图像。） -
fig.show="hide"隐藏图像 - 对于图像，可以通过
fig.width和fig.height来设置宽和高，举例：
```{r scatterplot, fig.width=8, fig.height=6}
plot(x,y)
- 使用
include=FALSE隐藏所有的代码、结果和图像，同时使用include=TRUE和results="hide"则会隐藏结果显示图像 -
eval=FALSE显示代码而不显示运行结果 - 表格输出设置：
```{r, results='asis'}
knitr::kable(mtcars)
2.全局代码块设置
避免每次使用代码块都重复敲代码来设置代码块，可按如下设置初始代码块：
```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, fig.height=8, fig.path='Figs/',
echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE)
warning=FALSE 和message=FALSE最终文档中不会显示R软件任何的提示信息， fig.path='Figs/'把图片保存在Figs子文件夹中（默认情况下图片不会被保存，注意Figs后面的斜线“/”不可少，否则图片会以Figs为文件名开头被保存在主目录中）。
如果在某个特定代码块中需要不一样的设置，可以单独设置该代码块，如：
```{r a_taller_figure, fig.height=32}
par(mfrow=c(8,2))
for(i in 1:16)
plot(x[,i], y[,i])
在给合作者的报告中，可能会使用include=FALSE, echo=FALSE作为全局设置，生成图像时使用include=TRUE，这样可以只输出图像。
3.行内代码(In-line code)
在报告中不要写成“There are 168 individuals.” 可以插入一点代码，比如：
There are `r nrow(my_data)` individuals.
又比如：
The estimated correlation between x and y was `r cor(x,y)`.
在R Markdown中，行内代码以 ``r 和来表示，两者间的代码会运行并显示结果。
注意：要确保行内代码没有跨行。
4.YAML header
YAML 是一种用于指定数据的简洁的文本格式， 与JSON有些类似但可读性更强。
在R Markdown文档开头，编写如下一段代码：
---
title: "An example Knitr/R Markdown document"
author: "Karl Broman"
date: "3 Feb 2015"
output: html_document
---
那么，文档的结尾会包含格式化的标题、作者名和日期。
author: "[Karl Broman](http://kbroman.org)"
甚至是R代码：
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document将RMD转化为html，pdf_document 或者word_document分别转为PDF和Word .docx文件。
5.其他关于代码块设置的代码问题
- 必须写在一行内，不含空格和句点，可以使用-和_
-
fig.path="abc"而不是fig.path=abc, andout.width='\\textwidth'而不是out.width=\textwidth - 使用TRUE/FALSE 而不是true/false
[参考文献]：
