灼口综合征的发病通常是渐进的，没有已知的促发因素或者行为。病因复杂。目前认为可能的诱发因素有局部、系统、精神和神经因素等多方面。传统的观点认为精神因素占突出位置。局部因素包括残根残冠、真菌感染等；全身因素包括更年期综合征、糖尿病、医源性菌群失调、维生素缺乏等。发病机制不明，目前更倾向于被认为是神经性疼痛的一种形式。
临床上有三个典型特点：1、最常见的表现：持续症状在醒来后整个一天的时间。2、晨起时没有或有少许的烧灼感，症状在白天随时间推移加重，晚上症状最重。3、最不常见的表现：间歇性的症状，存在无症状日。
常见因素：① 接触性过敏。口腔义齿及口腔填充材料中很多成分可以作为过敏原引起疼痛感。可能由于戴义齿的适应性过程中，舌部空间少，咬合位置不适合及垂直距离增加有关。但也有人认为烧灼感不过是由于义齿在口腔粘膜上简单摩擦所产生的副作用。
② 精神因素。这是灼口综合症较重要的原因，与人的性格，如多焦虑型、抑郁型、情绪不稳定有关，与恐癌心理有关。而且有报道67%的灼口综合症患者有心理问题。
③ 系统因素。最常见的是更年期综合征，其次是糖尿病、维生素及矿物质缺乏，长期滥用抗生素引起的菌群失调，导致白色念珠菌感染，长期使用抗焦虑药、利尿剂等。
④ 局部刺激因素。如牙石、残根、残冠、锐利的牙齿边缘、不良修复体等均可引起，口腔修复体中不同金属间产生的流电刺激也是局部刺激因素之一。
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