日本投降后，中国在一些主要城市设立军事法庭，对2357名日本乙、丙级战犯进行审判。审判的结果是149名战犯被处以死刑，145名战犯执行死刑。
1946年2月15日，中国政府正式成立国防部审判战犯军事法庭，任命石美瑜为庭长。
1946年12月31日，南京雨花台刑场，日军战犯鹤丸光吉被枪决。
南京军事法庭1946年6月开庭审判，判处南京大屠杀战犯谷寿夫、酒井隆、田中军吉、向井敏明、野田岩等战犯死刑，他们都是在南京雨花台刑场被执行死刑。
1947年4月26日上午，谷寿夫最后一次受审。检察官交给他3封家书，给予纸笔，让其复信。谷寿夫回完信后，写下了给妻子的最后遗言：“身葬异域，魂返清乡。” 行刑前，谷寿夫剪下自己十个指头的指甲和三束头发，装在用白手帕做成的小袋子里，并写下绝命诗：“樱花开时我丧命，痛留妻室哭夫君。愿献此身化淤泥，中国不再恨日本。”之后，谷寿夫被押往南京雨花台刑场，很多人前来围观。谷寿夫一枪毙命。据当年报道南京审判的《中央日报》记者容又铭回忆，谷寿夫临刑前面色死灰，双手颤抖。
向井敏明、野田毅的名字在中国可谓“家喻户晓”，他们就是在南京大屠杀期间进行杀人比赛的日本大兵。另一个令人发指的名字是田中军吉，他是谷寿夫部队的大卫中队长，连杀中国军民300多人。他们均被引渡至中国。
南京军事法庭外装有广播器。高音喇叭下，挤满了前来听公审实况的群众。在审理过程中，田中军吉、向井敏明一再抵赖进行杀人比赛的事实。
1948年1月28日，日军战犯田中军吉、向井敏明、野田毅等待处决，3人在行刑前获准抽最后一支烟。向井、野田、田中吸完烟后，被宪兵推往法场。他们步履蹒跚、弯腰俯首完全不见当年杀人时之所谓“英勇”。 行刑之前一霎那，三名杀人魔头举起手臂高呼军国主义口号。随后行刑枪手向他们后脑开枪，三人随即倒地毙命。
在审判战犯的过程中，很多战犯矢口否认自己的罪行。法庭就发动百姓检举战犯的行为，同时，用各种方式搜集战犯犯罪证据。
105万日军战俘之外，是200多万日本侨民。1945年9月30日，国民党陆军总司令部规定以“强迫”执行为手段，将日侨分地区、限期集中；严格规定集中时日侨所带物品的种类、数量，集中居住等。
