人脑好比电脑，有硬件，有软件。人脑的硬件是大脑，软件是大脑中储存的各种专业知识。大脑必备的系统软件，就是思维方式或认识方法。所谓“必备”是指，如果没有这个系统软件，那么大脑基本上无法运作，如同白痴。
人与人的重要差别之一，就是系统软件——思考方法软件（简称思方软件）的不同。从影响人类文明最大的三个领域——宗教、哲学、科学来看，我们可以大致把人的思维方式分成三类：直觉的思维方式、思辨的思维方式、实证的思维方式。一般人的思维方式大多是这三种思维方式的组合。
宗教是直觉的思维方式占主导而形成的思想系统；哲学是思辨的思维方式占主导而形成的思想系统；科学是实证的思维方式占主导而形成的思想系统。
直觉的思维方式，依靠人的本能反应。它的优点是反应快、有创意，文艺作品是其代表成果。但作为获取知识的方法，它的缺点则很明显——不准确。比如，心理学家做实验，把等量的水放到容积相同但高矮不同的烧杯中，六七岁的儿童大多会认为高烧杯中的水更多；我们还可以设想，假如让他们观察放在水中的筷子，他们或许会认为筷子在水中折断了。直觉思维的弊端是容易把幻觉、错觉、感觉等当作客观事实，盲目相信。依靠直觉思维认识的典型是迷信，如：风水、算命等。
思辨的思维方式强调逻辑推理。它的优点是能够梳理知识之间的逻辑关系，其成果以哲学为代表。它的缺点是难以发现新的知识，并且容易陷入玄想的泥潭中。
实证的思维方式，依靠的是客观证据。通过系统的实验，发现事物之间的因果关系。它的优点是能够发现可靠的新知识，但当证据不充分时，便需要思辩的思维方式来评估，即依靠逻辑推理来判断。
思辨理性与实验证据相结合，即逻辑实证的思维方式，是迄今为止人类认识事物最可靠（虽然不是最完美）的思维方式。科学知识就是依靠逻辑实证的方法被不断发现的。所以，逻辑实证的方法即科学方法，是最可靠的思方软件。
