1. 软件下载及安装admixture：
使用conda进行软件安装
conda install admixture
2. VCF文件格式转换为bed格式文件（似乎admixture 可以直接识别ped/map文件格式的输入文件）
vcf文件转为ped文件：
方法1：
使用vcftools支持将vcf文件转换成plink对应的ped/map格式，如下
vcftools --vcf input.vcf --plink --out output
方法2：
plink支持直接读取vcf文件格式，基本用法如下：
plink --vcf input.vcf --recode --out output
重要！ 因为转换成的ped和map文件无法匹配，需要手动更改上一步转换好的map文件
map数据格式为四列：
使用plink将ped/map转换为二进制的bed文件，命令行如下：
plink --file inputfile --make-bed --out filename
第一个FILENAME的后缀为.ped和.map，生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam
3.1.vcftools去除或保留vcf文件中的样品
例1：只保留1和10号两个样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --indv 1--indv 10 > out.vcf
例2：删除1号样品，执行以下代码：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --remove-indv 1 > out.vcf
例3：如果样品较多，也可将样品保存到文件 id.txt 中，每行为一个样品ID，格式如下：
sample1
2
..
然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。
--keep<filename>保留样品
--remove
<filename> 删除样品
代码如下：
vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --keep id.txt > out.vcf
作者：花事Le
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来源：简书
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3.2 plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数
plink --bfile inputfile --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out fileout
inputfile为不加.bed后缀的bed文件
其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID）
plink提取SNP位点：
plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp
其中，snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行：
rs1
rs2
rs3
4. 如何选择合适的K值
可以同时运行多个程序, 每个程序不同的k值, 比如, 想要k值选择1,2,3,4,5, 可以写为:
for K in 1 2 3 4 5; do admixture --cv hapmap3.bed $K | tee log${K}.out; done
例子：
for K in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12; do admixture --cv 10729bed2.bed $K | tee log${K}.out; done
多线程： admixture hapmap3.bed 3 -j 4
使用grep命令去查看*out文件的cv error(交叉验证的误差)值:
grep -h CV *.out
结果如下：（这个K值显示是否有误？应该从第一开始分别是K=1，2，3依次往下）
5. 绘制Q值的百分比柱状图
使用R语言
ta1 = read.table("D:/files.3.Q")
head(ta1)
barplot(t(as.matrix(ta1)),col = rainbow(3),
xlab = "Individual",
ylab = "Ancestry",
border = NA)
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本文部分分析步骤参考了CSDN博主「育种数据分析之放飞自我」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
原文链接：https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/83017730
