假设要删除var/log/system.log，我使用下面的命令解决了。
git filter-branch --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch var/log/system.log' --tag-name-filter cat -- --all
Stackoverflow帖子上提到了几种策略，有重新修改，然后合并commit；也有使用另外的工具，不过上面的方案是我觉得最好的。
【方案】Git commit 个大文件怎么删除？
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