R和Rstudio介绍
R作为一种统计分析软件，是集统计分析与图形显示于一体的。它可以运行于UNIX,Windows和Macintosh的操作系统上，而且嵌入了一个非常方便实用的帮助系统，相比于其他统计分析软件，R还有以下特点：
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完全免费、开源
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可编程语言
可以编写自己的函数来扩展现有的语言，比SPSS、SAS等统计软件跟新快的多大多数最新的统计方法可以在R中实现 -
具有很强的互动性
除了图形输出是在另外的窗口处，它的输入输出窗口都是在同一个窗口进行的，输入语法中如果出现错误会马上在窗口口中得到提示。输出的图形可以直接保存为JPG,BMP,PNG等图片格式,还可以直接保存为PDF文件。另外,和其他编程语言和数据库之间有很好的接口
安装
之前已经安装，在此不再赘述。注意用户名要改为英文，不然会很麻烦。
R的基本设置
工作界面
| 脚本编辑器script | environment（对象/变量列表）；history |
|---|---|
| 控制台console（脚本运行结果显示） | 文件、图像结果、帮助、包 |
外观设置
在appearance中可以设置字体、大小、主题、控制台颜色等
R project管理工作目录
所谓工作目录就是默认的读取和储存位置，也就是说，R语言只能和
文件夹进行互动，这个文件夹非常重要，做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑，找不到（转自生信星球）
可参考Rproject
当需要进行很多不同的项目的时候，可以用多个project来管理
R基本操作
tab快捷键可以帮助一键补全可能的命令
↑可以快速复制上一命令行
dir()查看目录中有哪些项目
list()查看目录中有哪些对象
dir()
[1] "test.Rproj"
list.files()
[1] "test.Rproj"
> 1+3
[1] 4
<-赋值符号，将后面的数值赋予前面的变量，和“=”一样，但是一般不用“=”
==判断是否相等，返回一个布尔值，如果相等就返回“TRUE”，不相等就返回“FALSE”
> x<-2
> x
[1] 2
> a=3
> a==3
[1] TRUE
ls()变量都被储存在ls()这个列表中
> ls()
[1] "a" "x"
rm删除变量
rm(list=(ls())删除所有变量
>rm(x)
> x
Error: object 'x' not found
> rm(list=ls()) #清除列表中所有变量
> ls()
character(0)
history()查看历史记录，也就是右上方的工作窗口
ctrl+l清空控制台
plot(rnorm(50))R语言中的runif()函数用于生成从0到1区间范围内的服从正态分布的随机数，每次生成的值都不一样；set.seed()用于生成随机数的种子元素，两个函数配合起来发挥作用
还可以根据自己的需要修改参数
> plot(rnorm(50),xlab="x",ylab="y",col=c("blue"),cex=0.5,pch=5)x轴名称为x，y轴名称为y，图像颜色为blue，散点大小为默认的50%
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))横轴名称为iris$Sepal.Length，纵轴名称为iris$Species，颜色按顺序为浅蓝、浅黄、浅粉（如果图像个数多于颜色个数，则会按照颜色顺序进行循环使用）
(这里使用了反转义符号\$来消除$的作用）
更多关于ggplot2的基础使用，可以见详解ggplot2
