这世间，愈是靡丽喧嚣，愈是引人心生怀恋。

linux环境下安装软件

预告

• 第一、了解conda--linux的应用商店
• 第二、给服务器下载conda（miniconda）
• 第三、安装和配置miniconda
• 第四、使用miniconda
• 第五、实战项目

神魔是Miniconda？

类似于手机上的应用商店，大多数的软件都被其收录了，且安装方便。日常生信使用miniconda即可。
ANACONDA > MINICONDA > CONDA

• 注意：linux上的软件基本没有图形界面，不能用单击，以后的学习要逐渐适应。

关于conda

• conda是为了管理Python包而建立的，涵盖了很多领域的软件包
• anaconda 是conda的一个更详细的软件，用于实际管理软件包。适用于Windows、linux和mac三平台。是一个功能强大且便利的软件管理器。
• miniconda的功能覆盖稍微较ANACONDA小一点，但是更为细致，尤其是在生物信息方向，打遍天下无敌手。本次学习的主要重点就是它了！

下载miniconda

• 百度直接搜索“” （清华的conda镜像，类似于r的镜像，清华的镜像速度还不错。）

  
  
  搜索miniconda 清华
  
  
  找到miniconda
• 下载版本时需要选择64-bit或者32-bit。这是可以查看服务器的位数。输入uname -a
  
  服务器显示为64位
• 安装最新的版本
• 复制下载链接
• 登录服务器，进入昨天建立的biosoft路径（cd biosoft-scb）
• 用wget命令
  wget 接刚才复制的链接（linux里想要复制，直接在终端里右键会弹出黏贴的命令。）
  
  下载miniconda
  
  注意: .sh是脚本，如果安装失败是不需要重新下载的，可以反复安装使用。

安装miniconda

• 在终端里输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh就开始安装，中途可能需要会提示权限和版权，按照提示操作就可以。

这样就成功了

• 接下来重要的一步，激活。
  使用source ~/.bashrc来激活conda
  在终端输入conda来检验conda是否激活成功。
  

  激活conda

• 添加镜像
  镜像是主网站的副站，配置镜像后，我们下载东西的速度会快很多。
  将下列4行代码复制到终端。
  # 使用清华镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

正式开始使用conda

1. 查看服务器上安装的软件列表

conda list

conda 安装列表

2. 搜索conda软件

conda install fastqc -y
-y 是yes，安装过程中出现所有的问题都回答yes，也可以不加，那样的话就需要你一步步地写yes。
默认安装的是最新版，肯能新版本有bug。想选择旧版本可以conda install fastqc=0.11.7 -y
等号后面的是版本号

安装完成

3. 卸载软件

conda remove fastqc -y

卸载完成

conda环境

不同的软件或者包需要在不同的环境下使用，必有有的r包需要在3.0的版本下使用，有的r包需要在r4.0下使用，这时候就需要配置多个r的环境，这就好比手机上的微信分身，同时可以登录两个账号，互不影响。

• 查看当前conda有什么环境
  conda info --envs
  前面带*的是默认的
  
  当前环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

安装环境成功

激活和退出环境