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我这里所说的工程目录结构其实就是哪些文件叫什么名字，什么文件放到什么文件夹下。当然这只是我自己的爱好，你也可以探索自己的风格。下图是我的工程目录结构：
lib: 生成的库文件
src: 源文件（*.cpp .cc）
include: 头文件（.h *.hpp）
build: 一般在这个文件夹下执行cmake ..(..之前有一个空格，表示你要使用的CMakeLists.txt文件在当前的上层路径)，生成的Makefile文件也在这个路径下。
bin: 一般放生成的可执行文件
CMakeLists.txt: cmake的配置文件，关于配置文件怎么写的教程（http://blog.csdn.net/kaizi318/article/details/7721624）
我的CMakeLists.txt是这样写的：
#井好表示注释
CMAKE_MINIMUM_REQUIRED( VERSION 2.8 ) #设定最小版本号
PROJECT( test ) #设定工程名
SET(CMAKE_CXX_COMPILER "g++") #设置编译器（可选的有gcc，g++）
# 设置用debug还是release模式。debug允许断点，而release更快
#set( CMAKE_BUILD_TYPE Debug )
set( CMAKE_BUILD_TYPE Release )
# 设置编译选项
# 允许c++11标准、O3优化、多线程。match选项可避免一些cpu上的问题
set( CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++11 -march=native -O3 -pthread" )
#设定可执行二进制文件的目录
SET( EXECUTABLE_OUTPUT_PATH ${PROJECT_SOURCE_DIR}/bin)
#设定存放编译出来的库文件的目录
SET( LIBRARY_OUTPUT_PATH ${PROJECT_SOURCE_DIR}/lib)
#并且把该目录设为连接目录
LINK_DIRECTORIES( ${PROJECT_SOURCE_DIR}/lib)
#
find_package (Threads REQUIRED)
#设定头文件目录
INCLUDE_DIRECTORIES( ${PROJECT_SOURCE_DIR}/include)
#增加子文件夹(注意我们的src路径是通过子文件夹的形式添加的，在这里面也是可以些CMakeLists.txt的)
ADD_SUBDIRECTORY( ${PROJECT_SOURCE_DIR}/src)
或则是ADD_SUBDIRECTORY( src)
