简单汇总一下目前接触到的一些画network/图谱可视化blabla的工具以及example figures
具体包括：
- RAWGraphs
- MapEquation
- CiteSpace
- Sci2
- HistCite
- VOSviewer
- Gephi
- Cytoscape
- ORA LITE
- D3
- Discourse network analysis (DNA)
- Muxviz
- Visual diagram
- Paperholes
15 Netminer
16. Bibliometrix/biblioshiny (新增 推荐!）
1. RAWGraphs
简介： 这个网站提供了很多不同种图形的画法，非常适合可视化以及一些演示的过程，只需要注册一个账号就可以使用大部分的图形功能 非常棒的online practice
上手程度：易
Website: https://rawgraphs.io/
Example:
2. MapEquation/Informap
简介：提供了类似Informap的map方法, 用了很多flow-based的方法。可以做基本的network，bipartite，multilayer，states，和tree。也可以做alluvial diagram，就可以去看出现了哪些structural changes. 这个可以不需要下载app
上手程度：中
Website: https://www.mapequation.org/apps.html
Example:
3. CiteSpace
简介：这个之前也介绍过啦，是做biblio的一个很好的工具，尤其对科学引文，可以做很多citation network，cluster network，burst detection, 还有主题时间变化等等。总的来说如果input是英文的biblio data就非常方便也合适。也可以做alluvial diagram之类的。依旧是我现在最喜欢用的工具之一。
上手程度：中
Website：http://cluster.cis.drexel.edu/~cchen/citespace/
Example：
4. Sci2
简介：这个其实跟citespace功能类似，也都是在java环境下运行，也可以与R结合在一起使用，也可以做time slice。和3. 是可以互用的 看你哪个上手，一般的东西都可以解决掉。
上手程度：中
Website：https://sci2.cns.iu.edu/user/index.php
Example：
5. HistCite
简介：这个我也没有用过，但功能和3.以及4.也是类似的. 但貌似只是比较支持WoS格式。这些biblio data的录入都大同小异，用plain text导入，但要注意各个格式对应的一些subject。
上手程度：中
有一个知乎专栏讲 了介绍：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20902898. 并且还提供了一个pro的下载链接
Example:
6. VOSviewer
简介：这又是另一个可视化的工具，不过功能比较简单，可以实现基本的共引 关键词共现 以及一些简单的聚类。画出的图与Sci2有点类似。
上手程度：易
Website: https://www.vosviewer.com/
Example:
7. Gephi
简介：也是基于java的一个可视化软件。可以做SNA，link analysis, 也可以通过加一些拓扑属性进去来做一些property的分析。但个人不是很适合我，数据import方式还是比较fixed，layout其实也不是我心水的样子，但还是很便捷的。有个很方便的是可以有plugins，比如可以做一下geolayout，还有其他七七八八的东西。不过结果还是很fancy的。
上手程度：中
Website：https://gephi.org/
Example:
8. Cytoscape
简介：主要是用于生物信息方面的，某一次在找画complex network的时候看到了一个示意图，然后就被吸引了，但也并没有怎么用过。也是一个要装java环境的，基本操作以及数据录入和其他软件其实也差不多。
上手程度：由于没试过就不予评价啦
Website：https://cytoscape.org/download.html
Example：
9. ORA
简介：这个在我之前的文章里也介绍过，功能很丰富，虽然免费版只能处理2000个节点，对于比较小型的还是够用的，功能也很齐全。一些小地方不开心的是time slice以及layout的设置不是很灵活，不过还是很方便的，尤其是可以更仔细地归类agent，knowledge，event等等。Manual非常厚而且很全 感兴趣的朋友 尤其像我这样的小白 顺着大纲读对顺一些知识点很有帮助。
Website: http://www.casos.cs.cmu.edu/projects/ora/
上手程度：中等偏上
Example：
10. D3
感觉java还是挺重要的，列一些JavaScript的软件，有时间的话打算学习一下。
Website： https://d3js.org/
上手程度：难
Example：
11. DNA
介绍：这个是在看一个政策话语分析的时候看到。可以做一下issue，actor，或者actor-issue的网络（congruence，conflict，coalition等等）。manual中提的对象就是 annotated statements，用到java和R，还需要懂一些mysql。（开发这个的prof就是network science+political science的背景）实际上我还没用过，因为目前在做的东西还不需要，但总体觉得这个软件就是完成了 质性分析+网络分析，挺适合社科，而且配色和图都是我的菜嘤嘤 （有一种academic的感觉），不过上手还是有一定难度的。
上手程度：中上
Example：
附上github地址：https://github.com/leifeld/dna/
12. Muxviz
介绍：这个主要是画multi-level以及可视化的软件。based on R and GNU Octave
Website: http://muxviz.net/
Example:
13. Visual diagram
介绍：非常好用的可视化的软件，免费版本也可以用到很多功能（如果对导出图片清晰度没有什么太大的要求话，不过后期都可以ps掉也没关系），不过这个似乎更偏企业场景一点（比如很多都是偏project management的design以及mapping and 搭建enterprise infrastructure)，且很多功能对接excel的处理及可视化形式。个人用的比较多的是它的charts（比如heatmap），还是很好用的，这part就会跟第一个软件有点相像。
Website：https://www.visual-paradigm.com/ 以及 https://online.visual-paradigm.com/charts/
Examples：
14. Paperpoles
介绍：在翻陈超美老师的文章时发现前两年有发过一个叫paperholes的专门抓citation links的tool. 原文是 “PaperPoles combines text analytics, a rank‐augmented cluster view and flex interaction among multiple coordinated views to assist in an exploratory search of scientific articles.” 使用的数据库是 Microsoft Cognitive Services Academic Knowledge API （免费有一定期限）不过过程个人感觉稍微有点多，而且如果是要进行一个范围很大的search的话耗时会比较多，因此作者也说适用于自己已经有想了解的task topics的citation analysis。最大的特色是 context-aware
基本操作步骤：
Websites: http://www.jiangenhe.com/paperpoles/
Examples:
15. NetMiner
介绍：可以有14天免费试用 但是要购买的。结合了文本分析和SNA，也可以做知识图谱
Website：http://www.netminer.com/product/overview.do
Reference
16. Bibliometrix
最近在用bibliometrix 感觉非常好用 而且简单易上手 特别适合做bibliometrics的东西。
它需要下载R， 下载途径：Bibliometrix R Package，然后在Rstudio的console窗里输入 install.packages("bibliometrix")
但 如果只是基础的用法用它完全不需要R的知识，你只需要install完直接输入 library(bibliometrix) 和 biblioshiny() 它就会弹出一个tiny app窗口, 有着一溜的功能给你选择：
个人觉得它merge wos 和 scopus bib data的效果大概也许可能比citespace好一点，因为是可以给你操作的
更多的可以去读它的manual或者master website:
