PE：两端测序(Pair-end sequencing),对于Paried-end reads，一般是不会测通的（就是说不会有重合的部 分），比如300bp的插入片段（insert size），两端各测100bp，中间的100bp没有被测到，也就是说对于这个 300bp的插入片段，测序得到的一对reads只有200bp信息，中间的100bp是gap。
Unigene:对转录组进行组装，得到尽可能长的非冗余的序列。我们把最终序列称之为Unigene，每一个Unigene代表一段转录组序列。对组装后的Unigene的数量、长度、GC含量等进行统计，这些统计量反映了组装的质量。Unigene长度通常是反映组装质量的指标之一。对样本的每个Unigene预测ORF（open reading frame），如果一个Unigene预测有多个ORF，则取最长的ORF。把每个Unigene的可读框翻译成氨基酸序列，并且统计读框中每个片段的起始位点，终止位点，长度和GC含。
de novo 测序(从头测序)：是指在没有任何参考基因组序列时对植物基因组进行测序和组装。
全基因组重测序：全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。基于全基因组重测序技术，我们能够快速的进行种子资源普查筛选，寻找到大量基因变异，并实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。而随着测序成本降低和已知基因组序列的物种增多，重测序已成为动植物育种研究中最为迅速有效的方法之一。
1M reads指100万条reads。
