1. 了解Linux

可以将Linux理解为除了Windows、Mac系统外的另一种系统，开源免费。由于生物软件都是基于linux，命令行模式可以批量处理文件，数据量太大时（几十G或几百G）用windows，电脑可能就会崩溃.

2. Windows用户 XShell 登录服务器

2.1 下载X shell

1. 直接搜索下载安装
2. 腾讯微云, 密码：gh8ca7；
   百度网盘;提取码: cnrv

2.2 登录服务器

1. 登录方法可见操作流程
2. 登录不上常见的问题： 检查IP、账号、密码及网络连接情况

2.3熟悉常见的命令符，以实战为主

(1)pwd

pwd: print working directory#显示当前路径

(2) mkdir+名称：表示创建你的空目录

mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码

(3) ls :显示列表
(4)rm 删除

rm       ##删除文件
rmdir    ##删除空目录--
rm -r    ##删除非空目录--

(5) cd

cd 目录名  ###进入该目录
cd -           ###返回刚才的目录

(6)vi

cd tmp##进入tmp目录
vi hello_world.txt##在tmp目录下间一个hello_world.txt文件
# 按Esc键   #退出编辑模式
:x   ##保存并退出

(7)cat

cat hello_world.txt###接将hello_world.txt内容输出到屏幕
head ###默认输出前10行
tail###默认输出后10行，后面加上-n 
head -n 3 hello_world.txt ###自定义输出几行

[注意]

-n与head之间有空格，-n和3之间空格可有可无
(8)cp

cp file1 file2 ###复制file1，命名为file2
cp hello_world.txt new_file.txt

(9)mv

mv file 路径 ###是移动file到某路径下
mv file1  file2###是将file1重命名为file2

3.Linux 自动补全

在输入文件名的时候，只需要输入该文件名的前几个字符，然后按 Tab 键，Shell 就可以自动将文件名补全。

思维导图

生信学习计划.png