1. 了解Linux
可以将Linux理解为除了Windows、Mac系统外的另一种系统，开源免费。由于生物软件都是基于linux，命令行模式可以批量处理文件，数据量太大时（几十G或几百G）用windows，电脑可能就会崩溃.
2. Windows用户 XShell 登录服务器
2.1 下载X shell
2.2 登录服务器
- 登录方法可见操作流程
- 登录不上常见的问题： 检查IP、账号、密码及网络连接情况
2.3熟悉常见的命令符，以实战为主
(1)pwd
pwd: print working directory#显示当前路径
(2) mkdir+名称：表示创建你的空目录
mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码
(3) ls :显示列表
(4)rm 删除
rm ##删除文件
rmdir ##删除空目录--
rm -r ##删除非空目录--
(5) cd
cd 目录名 ###进入该目录
cd - ###返回刚才的目录
(6)vi
cd tmp##进入tmp目录
vi hello_world.txt##在tmp目录下间一个hello_world.txt文件
# 按Esc键 #退出编辑模式
:x ##保存并退出
(7)cat
cat hello_world.txt###接将hello_world.txt内容输出到屏幕
head ###默认输出前10行
tail###默认输出后10行，后面加上-n
head -n 3 hello_world.txt ###自定义输出几行
[注意]
-n与head之间有空格，-n和3之间空格可有可无
(8)cp
cp file1 file2 ###复制file1，命名为file2
cp hello_world.txt new_file.txt
(9)mv
mv file 路径 ###是移动file到某路径下
mv file1 file2###是将file1重命名为file2
3.Linux 自动补全
在输入文件名的时候，只需要输入该文件名的前几个字符，然后按 Tab 键，Shell 就可以自动将文件名补全。
思维导图
生信学习计划.png
