转录组tophat+cufflinks流程，一些细节

Trapnell, C., Roberts, A., Goff, L., Pertea, G., Kim, D., Kelley, D. R., ... & Pachter, L. (2012). Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks. Nature protocols, 7(3), 562-578.

总之这套流程过时了，但是可以作为一个参考。

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