一般大服务器中会为个人用户在/home下建立自己的家目录，我们每次用xShell登陆进去就进到了个人家目录下。
但是很多我们所需要的软件在其他目录下，或者并没有安装，这时候一般有三种解决方法：
- 对于服务器中本身没有的软件
安装miniconda进行软件以及安装包管理。
Conda/Miniconda/Anaconda 常用命令整理及介绍_baixijun6078的博客
- 对于服务器中已经安装的软件
- copy其他用户的.bashrc文件到自己的目录下
- 自行将所需的软件的路径写入.bashrc文件
在拷贝其他用户的文件时我们常常会遇到权限问题，权限的修改一般有两种形式。
example
- chmod g+w file
u\g\o组合 w\r\x组合 +-=组合- chmod 755 file(folder)
7/5/0等数字组合
利用ls -l可查看权限
chmod参数说明
Linux 文件和文件夹权限操作
权限修改后，重启shell才能生效
.bashrc文件可以理解为用户每次登陆时shell都要启动的一个流程（有点类似开机启动软件的设置），目前我用到的有两个功能：
- 设置个性化的命令
# .bashrc
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=
# User specific aliases and functions
export PATH="/ym_group/zhaow/tools/samtools-1.9/bin:$PATH"
export PATH=/software/biosoft/software/python/python3/bin:$PATH
export PATH="$PATH:/ym/zhaow/bowtie/bin"
export PATH="/ym_group/zhengxcngdc/softwares/SingleCellVariantDatabase/samtools/samtools-1.13:$PATH"
export PATH="$PATH:/software/biosoft/htop/bin"
- 加载软件的路径
# .bashrc
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
# Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
# export SYSTEMD_PAGER=
# User specific aliases and functions
alias l='ls -o'
alias lt='ls -ot'
alias c='clear'
alias p='ps -fu huhy'
alias h='head -n'
编辑方式 ： vim .bashrc
编辑完成后按esc 然后:wq 退出保存
sourse /.bashrc 重新激活一下即可使用（类似于更新后重启电脑）
额外说明一下凡是前面带 . 的都是隐藏文件（例如.bashrc)，使用ls -a可查看这些隐藏文件。也可以修改.bash_profile达到同样的效果。但是.bashrc在开始时会启动.bash_profile所以一般直接修改.bashrc
PS：$PATH加载前面和后面在使用上并无区别，也可以不用vim 打开.bashrc编辑，直接
# 添加环境变量
echo 'export PATH=/home/biosoft/cellranger-2.2.0:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
但是$PATH相当于逗号，这些路径会从前到后进行搜索
在写路径的时候要学会看软件的运行文件在哪里，有的时候只要写道软件文件夹下就可以了，有时候要写到bin/
bin/
export PATH=$PATH:/LY_software/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64/bin
export PATH=/LY_software/cellranger-6.1.1:$PATH
环境变量跳转和退出
# 安装完conda后会出现
(base) [LY@loginb2 ~]$
# 退出conda 的base环境
(base) [LY@loginb2 ~]$ conda deactivate
[LY@loginb2 ~]$
# 想进入其他的软件环境
(base) [LY@loginb2 ~]$ export
# 无需修改.bashrc只要添加一下当前环境变量
PATH=/software/biosoft/software/python/python2020/envs/R4.0.0/bin:$PATH
(base) [LY@loginb2 ~]$ source activate R4.0.0
(R4.0.0) [LY@loginb2 ~]$
# 退出环境
(R4.0.0) [LY@loginb2 ~]$
(R4.0.0) [LY@loginb2 ~]$ source deactivate R4.0.0
DeprecationWarning: 'source deactivate' is deprecated. Use 'conda deactivate'.
[LY@loginb2 ~]$
# 会有warning但不影响退出
# 查看一下软件版本
[LY@loginb2 ~]$ which R