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基本
一、数据管理
- vector：向量
- numeric：数值型向量
- logical：逻辑型向量
- character:字符型向量
- list：列表
- data.frame：数据框
- c：连接为向量或列表
- length：求长度
- subset：求子集
- seq，from:to，sequence：等差序列
- rep：重复
- NA：缺失值
- NULL：空对象
- sort，order，unique，rev：排序
- unlist：展平列表
- attr，attributes：对象属性
- mode，typeof：对象存储模式与类型
- names：对象的名字属性
二、字符串处理
- character：字符型向量
- nchar：字符数
- substr：取子串
- format，formatC：把对象用格式转换为字符串
- paste，strsplit：连接或拆分
- charmatch，pmatch：字符串匹配
- grep，sub，gsub：模式匹配与替换
三、复数
- complex，R
- e，Im，Mod，Arg，Conj：复数函数
四、因子
- factor：因子
- codes：因子的编码
- levels：因子的各水平的名字
- nlevels：因子的水平个数
- cut：把数值型对象分区间转换为因子
- table：交叉频数表
- split：按因子分组
- aggregate：计算各数据子集的概括统计量
- tapply：对“不规则”数组应用函数
数学
一、计算
- +, -, *, /, ^, %%, %/%：四则运算
- ceiling，floor，round，signif，trunc，zapsmall：舍入
- max，min，pmax，pmin：最大最小值 range：最大值和最小值
- sum，prod：向量元素和，积
- cumsum，cumprod，cummax，cummin：累加、累乘
- sort：排序
- approx和approx fun：插值
- diff：差分
- sign：符号函数
二、数学函数
- abs，sqrt：绝对值，平方根
- log, exp, log10, log2：对数与指数函数
- sin，cos，tan，asin，acos，atan，atan2：三角函数
- sinh，cosh，tanh，asinh，acosh，atanh：双曲函数
- beta，lbeta，gamma，lgamma，digamma，trigamma，tetragamma，pentagamma，choose ，lchoose：与贝塔函数、伽玛函数、组合数有关的特殊函数
- fft，mvfft，convolve：富利叶变换及卷积
- polyroot：多项式求根
- poly：正交多项式
- spline，splinefun：样条差值
- besselI，besselK，besselJ，besselY，gammaCody：Bessel函数
- deriv：简单表达式的符号微分或算法微分
三、数组
- array：建立数组
- matrix：生成矩阵
- data.matrix：把数据框转换为数值型矩阵
- lower.tri：矩阵的下三角部分
- mat.or.vec：生成矩阵或向量t：矩阵转置
- cbind：把列合并为矩阵
- rbind：把行合并为矩阵
- diag：矩阵对角元素向量或生成对角矩阵
- aperm：数组转置
- nrow, ncol：计算数组的行数和列数
- dim：对象的维向量
- dimnames：对象的维名
- row/colnames：行名或列名
- %*%：矩阵乘法
- crossprod：矩阵交叉乘积（内积）
- outer：数组外积
- kronecker：数组的
- Kronecker积 apply：对数组的某些维应用函数
- tapply：对“不规则”数组应用函数
- sweep：计算数组的概括统计量
- aggregate：计算数据子集的概括统计量
- scale：矩阵标准化
- matplot：对矩阵各列绘图
- cor：相关阵或协差阵
- Contrast：对照矩阵
- row：矩阵的行下标集
- col：求列下标集
四、线性代数
- solve：解线性方程组或求逆
- eigen：矩阵的特征值分解
- svd：矩阵的奇异值分解
- backsolve：解上三角或下三角方程组
- chol：Choleski分解
- qr：矩阵的QR分解
- chol2inv：由Choleski分解求逆
五、逻辑运算
- ，=，==，!=：比较运算符
- !，&，&&，|，||，xor()：逻辑运算符
- logical：生成逻辑向量
- all，any：逻辑向量都为真或存在真
- ifelse()：二者择一
- match，%in%：查找unique：找出互不相同的元素
- which：找到真值下标集合
- duplicated：找到重复元素
六、优化及求根
- optimize，uniroot，polyroot：一维优化与求根
程序设计
一、控制结构
- if，else，ifelse，switch：分支
- for，while，repeat，break，next：循环
- apply，lapply，sapply，tapply，sweep：替代循环的函数。
二、函数
- function：函数定义
- source：调用文件
- call：函数调用
- .C，.Fortran：调用C或者Fortran子程序的动态链接库。
- Recall：递归调用
- browser，debug，trace，traceback：程序调试
- options：指定系统参数
- missing：判断虚参是否有对应实参
- nargs：参数个数
- stop：终止函数执行
- on.exit：指定退出时执行
- eval，expression：表达式计算
- system.time：表达式计算计时
- invisible：使变量不显示
- menu：选择菜单（字符列表菜单）
其它与函数有关的还有：delay，delete.response，deparse，do.call，dput，environment ，，formals，format.info，interactive，is.finite，is.function，is.language，is.recursive ，match.arg，match.call，match.fun，model.extract，name，parse，substitute，sys.parent ，warning，machine。
三、输入输出
- cat，print：显示对象
- sink：输出转向到指定文件
- dump，save，dput，write：输出对象
- scan，read.table，load，dget：读入
四、工作环境
- ls，objects：显示对象列表
- rm, remove：删除对象
- q，quit：退出系统
- .First，.Last：初始运行函数与退出运行函数。
- options：系统选项
- ?.help，help.start，apropos：帮助功能
- data：列出数据集
统计计算
一、统计分布
每一种分布有四个函数：d――density（密度函数），p――分布函数，q――分位数 函数，r――随机数函数。比如，正态分布的这四个函数为dnorm，pnorm，qnorm，rnorm。下 面我们列出各分布后缀，前面加前缀d、p、q或r就构成函数名：
norm：正态，t：t分布，f：F分布，chisq：卡方（包括非中心）unif：均匀，exp：指数，weibull：威布尔，gamma：伽玛，beta：贝塔lnorm：对数正态，logis：逻辑分布，cauchy：柯西，binom：二项分布，geom：几何分布，hyper：超几何，nbinom：负二项，pois：泊松signrank：符号秩，wilcox：秩和，tukey：学生化极差
二、简单统计量
- sum, mean, var, sd, min, max, range, median, IQR（四分位间距）等为统计量
- sort，order，rank与排序有关
其它还有ave，fivenum，mad，quantile，stem等。
三、统计检验
R中已实现的有chisq.test，prop.test，t.test。
四、多元分析
- cor，cov.wt，var：协方差阵及相关阵计算
- biplot，biplot.princomp：多元数据biplot图
- cancor：典则相关
- princomp：主成分分析
- hclust：谱系聚类
- kmeans：k-均值聚类
- cmdscale：经典多维标度
其它有dist，mahalanobis，cov.rob。
五、时间序列
- ts：时间序列对象
- diff：计算差分
- time：时间序列的采样时间
- window：时间窗
六、统计模型
- lm，glm，aov：线性模型、广义线性模型、方差分析
原文链接：R语言常用函数 | Public Library of Bioinformatics
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