代码示例:
1. single_rarefaction.py -i OTU_table.biom -o OTU_table_even10000.biom -d 10000
参数: -i 后接输入文件,通常为biom格式
-o 后接输出文件,即为稀释后的文件
-d 表示要稀释为的深度,即序列数,这里表示将每个样本稀释到10000个序列数
2. 将biom格式转为txt文本
/home/Hemaozhang/anaconda3/envs/qiime1/bin/biom convert -i OTU_table_even10000.biom -o OTU_table_even10000.txt --to-tsv --header-key taxonomy
参数: -i, -o 分别接输入输出文件
--to-tsv 指定了输入格式,这个参数一定要有,否则会报错
--header-ley taxonomy 表示在输出文件的最后一列加上微生物分类信息
最终生成如下文件: