2019-11-28 LOBSTER在GPU上多线程并行提交方法

问题:

一般VASP计算时采用MPI多进程并行计算,而LOBSTER只能进行多线程并行计算,如何提交?


解决方法:

export OMP_NUM_THREADS=8

lobster-3.2.0 > lobster.log &


注意:

这里的GPU服务器有两个CPU,每个CPU有4个核,以上提交方法是在没有任务排队的情况下运行。

当有别人已有计算任务在算时,占用了CPU0,这时自己再提交任务则提交到CPU1,可以设置线程数为4,进行加速。

当正在计算的任务是自己的时候,占用了CPU0,再计算时线程数最多只能是CPU0上剩余的核数。


附件:

提交LOBSTER时的pbs脚本。



#!/bin/bash

#PBS -N jobname

#PBS -q batch

#PBS -l walltime=100:00:00

#PBS -l nodes=1:pq:ppn=8

#PBS -r n

#PBS -j oe

#PBS -o /home/shsun/feedback

#PBS -m bea

export NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

echo ------------------------------------------------------

echo 'This job is allocated on '${NPROCS}' cpu(s)'

echo 'Job is running on node(s): '

cat $PBS_NODEFILE

echo ------------------------------------------------------

echo PBS: qsub is running on $PBS_O_HOST

echo PBS: originating queue is $PBS_O_QUEUE

echo PBS: executing queue is $PBS_QUEUE

echo PBS: working directory is $PBS_O_WORKDIR

echo PBS: execution mode is $PBS_ENVIRONMENT

echo PBS: this script pid is $$

echo PBS: job identifier is $PBS_JOBID

echo PBS: job name is $PBS_JOBNAME

echo PBS: node file is $PBS_NODEFILE

echo PBS: current home directory is $PBS_O_HOME

echo PBS: PATH = $PBS_O_PATH

echo ------------------------------------------------------

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=8

date

lobster-3.2.0 > lobster.log

#MPIRUN=/home/pub/MPI/openmpi/1.6.4/bin/mpirun

#VVASP=vasp-gpu-vtst5.4.x

#VASP=/home/pub/bin/$VVASP

#$MPIRUN -np 3 $VASP > vasp.log

#tar czvf chg.tgz CHG

#rm CHGCAR WAVECAR

#rm CHG* WAVE*

date



©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 215,874评论 6 498
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 92,102评论 3 391
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 161,676评论 0 351
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 57,911评论 1 290
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 66,937评论 6 388
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,935评论 1 295
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,860评论 3 416
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,660评论 0 271
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,113评论 1 308
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,363评论 2 331
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,506评论 1 346
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,238评论 5 341
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,861评论 3 325
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,486评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,674评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,513评论 2 368
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,426评论 2 352

推荐阅读更多精彩内容