生成的基因列表直接用clusterProfiler和org.Hs.eg.db富集分析

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
gene <- bitr(final1$gene, fromType="SYMBOL", toType=c("ENTREZID","ENSEMBL"), OrgDb="org.Hs.eg.db")
go <- enrichGO(gene$ENTREZID, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont='ALL',pAdjustMethod = 'BH',pvalueCutoff = 0.05, 
               qvalueCutoff = 0.2,keyType = 'ENTREZID')
resultgo <- go@result
resultgo <- arrange(resultgo,resultgo$p.adjust)
kegg <- enrichKEGG(gene$ENTREZID, organism = "hsa", pvalueCutoff = 0.05)
resultkegg <- kegg@result
resultkegg_methylation1 <- arrange(resultkegg,resultkegg$p.adjust)
write.csv(resultkegg_methylation1,file="resultkegg_methylation1.csv")

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