Risearch分析RNA与RNA之间的互作关系
预测lncRNA和circRNA的靶基因，需要参考RNA与RNA之间的互作结果。在线平台的RNA与RNA之间的互作关系预测也不少，但大多有序列长度限制，对于较长序列如lncRNA和circRNA与mRNA的互作就较难。这次我们使用本地软件Risearch2.1预测RNA与RNA之间的互作关系。
1 下载软件
打开网址：https://rth.dk/resources/risearch/，并点击下载。
Linux系统下可以直接使用已经编译好的risearch2.x文件。在终端进入文件夹，输入./risearch2.x。
2 准备数据
在Ensembl数据库中下载需要分析的RNA的cDNA序列的fasta文件，我们以H19（ENST00000414790.6，lncRNA）和IGF2（ENST00000416167，mRNA）为例，格式如下：
3 分析互作关系
以IGF2作为靶基因，终端运行./risearch2.x -c Homo_sapiens_IGF2_205_sequence.fa -o IGF2.pksuf。
其中-c参数输入靶基因的fasta文件，-o参数为输出文件。
终端运行 ./risearch2.x -q Homo_sapiens_H19_203_sequence.fa -i IGF2.pksuf -s 15 -l 80 -p。
其中-q参数输入lncRNA的fasta文件，-i参数输入上一步的输出文件，-s表示至少连续互补的碱基数，-l表示分析序列长度，-p参数用于可视化配对情况。
结果文件是一个压缩文件，终端运行 zcat *.out.gz > risearch_out.txt解压文件。
4 数据整理
将分析结果进一步整理成表格Risearch_report.xlsx，内容如下：
（1）LncRNA：lncRNA的编号；
（2）Start：lncRNA中预测结合的序列起始位点；
（3）End：lncRNA中预测结合的序列结束位点；
（4）mRNA：mRNA的转录组Ensembl编号；
（5）Gene：mRNA的基因名称；
（6）Start：mRNA中预测结合的序列起始位点；
（7）End：mRNA中预测结合的序列结束位点；
（8）Energe：序列结合的自由能，自由能越低，结合的可能性越高；
（9）Interaction：序列结合的结果，配对信息参考Risearch_result.txt文件，“|”表示成功匹配，“：”表示GU之间的匹配，“ ”表示不匹配。
配对信息进一步整理成Risearch_result.txt文件，内容如下：
每个预测结果包含4行数据，内容如下：
第1行结果为：配对的基本信息包括circRNA的编号、circRNA中预测的序列起始和结束位点、mRNA的转录组编号、mRNA中预测的序列起始和结束位点、互作链和序列结合的自由能；
第2行结果为：circRNA互作区域的序列信息，其中“-”表示未匹配；
第3行结果为：配对的结果，“|”表示成功匹配，“：”表示GU之间的匹配，“ ”表示不匹配；
第4行结果为：mRNA互作区域的序列信息，其中“-”表示未匹配。
