illumina平台测序原理
整个测序流程分为四个阶段，分别为
样品制备：通过对待测样品添加与流通池上接头同样的序列，以使测序样品能够成功的与流动池中的街头互补配对
合成集簇：通过桥扩增是待测序的样品在样品池中进行指数扩增
测序：采用边合成边测序的方法测定同时测定样品池中每个碱基的序列
数据分析
测序的发展史
第一代测序
如经典的桑格尔-双脱氧链终止法
优点：读长较长，准确率高
缺点：成本高、通量低
第二代测序
循环阵列合成测序法
优点：提高了测序速度，降低了测序成本
缺点：读长短，拼接困难，pcr技术增加了测序的错误率
第三代测序
采用纳米孔单分子测序技术
优点：不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序
缺点：错误率比二代要高，达到10-15%
高通量测序的分类
基因组学
转录组学
蛋白组学
代谢组学
Fastq&Fasta
Fastq：一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行
第一行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；
第二行：碱基序列；
第三行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；
第四行：第二行序列的质量评价(quality value)。
Fasta
1：以“>”为开头，fasta格式标志。
2：序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。
格式为：gi|gi号|来源标志|序列标志（接收号、名称等），若某项缺失可以留空，“|”保留。
3：序列描述。
4：碱基序列，序列中允许空格、换行、空行，一般一行60个。
Fastq文件→Fasta文件
Linux命令
sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
seqtk seq -A input.fastq > output.fasta
第三代测序：新一代的测测序技术都朝着单分子测序在发展，未来的目标是让测序反应小规模化，精准化而且高效化。
测序技术
1.PacBio 实时单分子测序
2.Complete Genomics公司的复合探针-锚定连接技术
3.Oxford Nanopore 纳米孔单分子通道技术
4.Ion Torrent电子流检测技术
