Caicedo-Montoya C, Manzo-Ruiz M, Ríos-Estepa R (2021) Pan-Genome of the Genus Streptomyces and Prioritization of Biosynthetic Gene Clusters With Potential to Produce Antibiotic Compounds. Front Microbiol 12:. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.677558

链霉菌属的种类以其产生多种次级代谢物的能力而闻名；它们的基因组已被广泛探索，以发现新的生物活性化合物。目前可用的丰富基因组数据允许筛选高质量基因组，这反过来又允许进行可靠的比较基因组学研究，并通过基因组挖掘方法改进生物合成基因簇（BGC）的预测。在这项工作中，我们在一项比较基因组学研究中使用了链霉菌属的121个基因组序列，目的是通过蛋白质结构域含量、蛋白质序列相似性和基因间区域保护（IGR）来估计基因组多样性。我们还搜索了BGC，但优先考虑了那些具有潜在抗生素活性的BGC。我们的分析表明，链霉菌属的泛基因组明显是开放的，在不同物种中有大量独特的基因家族，并且IGR很少保守。我们还使用多个标记描述了所分析基因组的系统发育关系，获得了一个可靠的树，其关系通过平均核苷酸同一性（ANI）计算进一步验证。最后，检测到33个生物合成基因簇具有潜在的抗生素活性和预测的作用模式，这可能为相关实验研究的制定提供指导。